5 главных геномных браузеров

Любой человек, работающий в биоинформатике, рано или поздно столкнётся с тем, что ему или ей понадобится воспользоваться геномным браузером, чтобы визуально посмотреть на данные. Это неизбежно.

Мы расскажем про основные онлайн и оффлайн версии браузеров, которые помогут вам в выполнении задач и значительно облегчат жизнь.

1.UCSC Genome Browser – легендарный браузер, который приходит многим на ум при фразе «посмотри это в геномном браузере». В нём есть множество дополнительных треков, которые можно подгружать и смотреть на интересующий участок генома и его консервативность, наличие различных функциональных элементов, сравнивать с последовательностями неандертальцев и денисовцев и делать ещё множество вещей. У браузера есть и оффлайн версия.

2. The Ensembl genome browser – тоже популярный браузер, функционал которого во многом похож на таковой у вышеуказанного UCSC. Он точно так же удобен в исследованиях в сравнительной геномике, изучении эволюции, транскрипционной регуляции и многом другом.

3. Инструмент с открытым кодом GIVE позволяет даже тем, кто обладает минимальными навыками программирования, создавать пользовательские браузеры под конкретную задачу. На сайте вы можете посмотреть конкретные примеры, получается довольно красиво.

4. С JBrowse можно работать как в браузере, так и через приложение на рабочем столе. Его ведущий разработчик, Ian Holmes, сказал, что специально делал инструмент интуитивно понятным и доступным для непрограммистов. И, похоже, ему это удалось! Ведь именно этот браузер использует база данных раковых геномов COSMIC и база патогенов VEuPathDB.

5. IGV – наверное, один из самых популярных оффлайн браузеров. У него есть только локальная версия, поэтому удобно работать с данными, которые нельзя выкладывать в открытый доступ. Кроме обычных функций браузера, он умеет генерировать QR-коды для определённых визуализаций треков, которые можно вставлять на постеры для конференций. Но это не все его преимуществе, так что эту программу точно нужно поизучать внимательно! :)

Написано по мотивам https://www.nature.com/articles/d41586-019-03705-y.

Источник: m.vk.com

Комментарии: