Проект Геном человека с треском провалился, но почему люди верят "генетическому тестированию"

В комментарии пришли «знающие». Они вещают про «генетические тесты» и «анализы».

По их авторитетному экспертному мнению, определять болезни «сгибанием пальчика» ненаучно. Впрочем, у них и дисплазия соединительной ткани — болезнь, которую надо «лечить». Обычно для «лечения» предлагаются БАД и «спорт».

Поскольку эта «болезнь генетическая», то наблюдается упование на «коррекцию генов». Вот и недавно ставший известным фигурист повторяет общепринятое ныне — надо только отредактировать ген.

Появилось целое поколение «диагностирующих» синдромы Жильбера и гомоцистеинемии. Генетический тест найдет синдром Жильбера у каждого второго. Но мало кто расскажет о том, что спровоцировать переход из «нарушения генов» в реальную болезнь может ряд факторов.

Физические нагрузки, стрессовые ситуации, голодание, вирусные инфекции, прием алкоголя и ряда лекарственных препаратов, обладающих гепатотоксическим эффектом. В том числе и БАД типа ашваганды, например. Ashwagandha-induced liver injury: A case series from Iceland and the US Drug-Induced Liver Injury Network.

Получается, что все то, что рекомендуют блогеры-эксперты, направлено на переход предрасположенности в реальную болезнь.

В норме гомоцистеин быстро превращается обратно в полезные аминокислоты или выводится, для этого процесса необходимы витамины группы B, особенно B12. Но если качественно запугать человека красным мясом, он перестанет получать витамин В12. И можно ставить диагноз с помощью «генетического теста».

Нарушения фолатного цикла по «генетическим тестам» можно найти вообще у каждого человека.

Гипотеза о распространенных вариантах генов казалась разумным предположением, когда ее впервые выдвинули в 1990?х годах. Согласно этой гипотезе, многие распространенные заболевания человека можно объяснить наследованием относительно небольшого количества распространенных вариантов генов. Гены традиционно определялись как участки ДНК, кодирующие белки. Варианты генов можно представить как слегка отличающиеся, мутировавшие тексты одного и того же гена, которые изменяют либо кодирующую белок часть ДНК, либо соседнюю ДНК, которая регулирует скорость и время «экспрессии» гена (синтеза белка).

Белки выполняют множество функций в клетках и нарушения в их работе или концентрации могут привести к сбоям в молекулярных процессах или цепочках взаимодействий, важных для здоровья.

Все просто. Так, как нравится потребителям и производителям лекарств.

25 лет назад как биологи, так и люди, далекие от биологии, с оптимизмом смотрели на перспективы проекта «Геном человека» стоимостью 3 миллиарда долларов. Летом 2000 года на церемонии в Белом доме президент Билл Клинтон объявил о создании первого черновика «книги жизни» человека и предсказал, что проект «Геном человека» «совершит революцию в диагностике, профилактике и лечении большинства, если не всех, человеческих заболеваний».

Фрэнсис С. Коллинз, в то время возглавлявший Национальный институт исследования генома человека, нарисовал грандиозную картину «персонализированной медицины», которая, как он полагал, должна была появиться к 2010 году: генетические тесты, указывающие на предрасположенность человека к сердечным заболеваниям, раку и другим распространенным недугам, будут доступны, а вскоре за ними последуют профилактические меры и индивидуальное лечение.

Этот миф давно разрушен. Но за него крепко держатся щупальцами.

Оказалось, что подавляющее большинство распространенных вариантов не имеют установленной биологической связи с заболеванием и клинической ценности для прогнозирования или лечения.

Генетик Уолтер Бодмер прямо назвал стратегию поиска распространенных вариантов генов «ошибочной с научной точки зрения».

ДНК-тесты на отцовство стали очень популярны с 2005 года. Тогда ученые из Ливерпульского университета на основе данных от ДНК-тестов Великобритании заявили: 4% отцов воспитывают чужих детей и не догадываются об этом. То есть, каждый 25?й ребёнок имеет неродного отца.

Миф о «каждом 25-ом ребёнке» просуществовал 11 лет. Оказалось, что анализ был «немного ошибочным».

Как и в любом тесте, существуют ложноположительные и ложноотрицательные результаты.

Даже скрининговые генетические тесты, которые проводят потенциальным родителям, не являются точными на 100%.

Ложноположительный результат означает, что есть риск заболевания, когда на самом деле его нет.

При ложноотрицательном ответе сообщается, что никакого риска нет, а в итоге у человека развивается заболевание или же на свет появляется ребёнок с генетическим нарушением.

32-летняя американка из Канзаса узнала о результатах генетического анализа с носительством мутации BRCA, при которой риск рака молочной железы составляет 70%. Чтобы избежать опасности, женщина решилась на полную мастэктомию — операцию по удалению груди.

Вторая операция – удаление яичников и матки – должна была стать профилактикой гормонозависимых опухолей этих органов, также вероятной при имевшейся мутации.

Перед хирургическим вмешательством страховая компания пациентки настояла на пересдаче ДНК?теста для подтверждения потребности в дорогих препаратах. И новые тесты показали, что мутация отсутствует. Грудь была отрезана напрасно.

Уже в этом году систематический обзор 52 научных статей, представленных в ведущий мировой журнал клинической генетики различными учеными за двухлетний период, показал, что ни в одной из них критически важные генные мутации (правильно обозначенные как варианты) не были названы с достаточной точностью.

То есть, каждая (!) рукопись, представленная в журнал Genetics in Medicine (журнал Американского колледжа медицинской генетики и геномики [ACMG], который разрабатывает глобальные профессиональные стандарты в области клинической геномики), содержала одну или несколько ошибок.

В одном из печально известных случаев на протяжении десятилетий лаборатории и врачи использовали противоречащие друг другу системы наименования для мутации фактора V Лейдена, распространенной наследственной генетической мутации, вызывающей тромбофилию. Это приводило к неправильной оценке риска тромбоза у пациентов и принятию неверных решений о лечении.

В другом примере, непоследовательное представление вариантов гена CFTR при муковисцидозе привело к неправильному пониманию статуса носительства и риска заболевания, что повлекло за собой ошибки в консультировании по вопросам планирования семьи для затронутых этим заболеванием пар.

“Мы обнаружили, что 100% подмножества рукописей, представленных в GIM и GIMO в период с 2023 по 2024 год и повторно рассмотренных с использованием стандартизированной рубрики, содержали критические пропуски данных и/или критические ошибки в номенклатуре генов/вариантов такого типа и степени серьезности,

которые (на основе критериев двух экспертных комитетов, HUGO-RSVWG и Рабочей группы ACMG по техническим стандартам отчетности и обмена интерпретированными геномными вариациями) могли бы поставить под угрозу точность и доступность представленных данных о генах/вариантах».

Universal Presence of Gene/Variant Nomenclature Errors in Journal Manuscript Submissions.

Дэвид Ботстайн из Принстонского университета выносит почти такой же вердикт в отношении стратегии создания карты гаплотипов: «Это нужно было сделать. Если бы мы не попробовали, никто бы не узнал, что это не работает». По его словам, проект HapMap стоимостью 138 миллионов долларов был «великолепным провалом».

Уолтер Бодмер, один из тех, кто в 1980?х годах предложил проект по расшифровке генома, и пионер исследований ассоциаций, которые доминировали в современной геномике, утверждает, что поиск распространенных вариантов генов — это биологический тупик. «Практически невозможно определить биологические эффекты этих вариантов генов, а это крайне важно, — говорит он. — Подавляющее большинство [распространенных] вариантов никак не влияют на биологию заболеваний».

Постепенно мощь набрала эпигенетика. Обширные участки ДНК, которые не кодируют белки и которые когда-то считались «мусорными», теперь известны как важные регуляторные области.

Некоторые участки ДНК производят небольшие фрагменты РНК, которые, например, могут влиять на экспрессию генов.

Химические «метки» на ДНК, которые не меняют ее последовательность и, следовательно, являются «эпигенетическими», также могут влиять на экспрессию генов и подвергаться изменениям под воздействием факторов окружающей среды в течение жизни. Такая модифицированная под воздействием окружающей среды ДНК может даже передаваться по наследству.

Получается, есть наследственные болезни без изменения ДНК.

То, что когда-то считалось простой, однозначной взаимосвязью между генами и признаками,

превратилось в «проблему генотипа и фенотипа», когда знание последовательности ДНК, кодирующей белок, дает лишь частичное представление о том, как формируется тот или иной признак.

Но это не мешает уверовавшим в генетику людям повторять мифы про «генетические тесты» и «редактирование генов» с помощью БАД.

В ходе экспериментов на животных Джозеф Х. Надо, директор по научному развитию Института системной биологии в Сиэтле, проследил за более чем 100 биохимическими, физиологическими и поведенческими особенностями, на которые влияют эпигенетические изменения, и увидел, что некоторые из этих изменений передавались из поколения в поколение на протяжении четырех поколений.

«Это прямо по Ламарку!» — смеется он, имея в виду идею биолога XVIII века Жана-Батиста Ламарка о том, что приобретенные признаки могут передаваться по наследству.

Наверное, придется и Лысенко реабилитировать?

Функция одного конкретного гена иногда зависит от конкретного сочетания окружающих его генетических вариантов — так называемый ансамблевый эффект.

Чудеса, обещанные генетикой, не случились. Но чудесатые люди остались.

13 марта день сна. Наладить сон важнее, чем «отредактировать гены».

Для поста использовались статьи Стивена С. Холла. «Отложенная революция: почему проект «Геном человека» разочаровал» в журнале Scientific American, том 303, № 4, 2010.

Источник: vk.com

Комментарии: