AlphaFold 3: система моделирования структуры белков

AlphaFold 3 (https://github.com/google-deepmind/alphafold3) — конвейер логического вывода системы ИИ, разработанной Google DeepMind, которая произвела революцию в области прогнозирования структуры белков.

Пакет AlphaFold 3 включает в себя все необходимое для теоретического моделирования структуры белка. Для запуска системы необходимо сконфигурировать входной файл JSON (https://github.com/google-deepmind/alphafold3?tab=readme-ov-file#installation-and-running-your-first-prediction), содержащий информацию о белке, например, его идентификатор и аминокислотную последовательность.

Вместе с программным конвейером инференса доступна подробная документация по входным (https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/docs/input.md) и выходным (https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/docs/output.md) данным системы, решению известных проблем (https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/docs/known_issues.md), настройкам производительности (https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/docs/performance.md) и установке с последующим запуском с помощью Docker (https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/docs/installation.md).

Для локального использования понадобится ОС Linux (AlphaFold 3 не поддерживает другие операционные системы) примерно 1 ТB дискового пространства для хранения генетических баз данных (рекомендуется SSD), 64 GB RAM, GPU NVIDIA с Compute Capability 8.0 или выше.

Исходные данные, содержащие 5120 токенов, могут поместиться на одном NVIDIA A100 80 ГБ или одном NVIDIA H100 80 ГБ.

Получение параметров модели возможно через подачу заявки (https://forms.gle/svvpY4u2jsHEwWYS6) в Google DeepMind, доступ предоставляется в течении 2-3 дней по итогам рассмотрения обращения.

Любая публикация, основанная на результатах, полученных с использованием AlphaFold 3, должна ссылаться на статью «Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3» (https://doi.org/10.1038/s41586-024-07487-w).

AlphaFold 3 не является официально поддерживаемым продуктом Google и ее результаты не предназначены, не проверены и не одобрены для клинического использования.

Лицензирование: CC-BY-NC-SA 4.0

Техотчет (https://www.nature.com/articles/s41586-024-07487-w)

Demo (https://alphafoldserver.com/welcome)

GitHub (https://github.com/google-deepmind/alphafold3)

Источник: github.com

Комментарии: