GAGA-ассоциированный фактор способствует формированию петель в геноме дрозофилы

Геном эукариот формирует два компартмента в ядре – А и B. В В больше контактов, в А - меньше. Кроме того, участки генома, взаимодействий внутри которых больше чем с окружением, формируют топологически ассоциированные домены (ТАДы). Часто в основе ТАДов находятся петли, но не всегда. Петли могут быть и вне ТАДов и часто соединяют в пространстве энхансеры и промоторы.

Ученые под руководством Михаэля Левина сделали разновидность метода Hi-C, Micro-C, в эмбрионах дрозофилы без GAGA-ассоциированного фактора (GAF). Геномные данные из других статей выявили связывание GAF практически со всеми петлями. Действительно, при направленной деградации GAF в эмбрионах петель становилось меньше.

Исследователи картировали сайты связывания GAF с ДНК во время раннего развития эмбрионов. Значительная часть GAF была связана именно в тех местах, где исчезали петли. Как оказалось, способность GAF формировать петли зависела от его домена, которым он олигомеризуется.

Насколько функциональны взаимодействия ДНК, формируемые GAF? Ученые сделали РНК-секвенирование и подтвердили, что в местах исчезающих петель экспрессия генов менялась. Такой же результат для выбранных генов дал и метод гибридизации FISH.

Получается, GAF важен для формирования петель в раннем развитии плодовой мушки, что правильным образом настраивает экспрессию генов (Li et al., 2023).

Li, X., Tang, X., Bing, X., Catalano, C., Li, T., Dolsten, G., Wu, C., and Levine, M. (2023). GAGA-associated factor fosters loop formation in the Drosophila genome. Mol Cell 83, 1519-1526 e1514. 10.1016/j.molcel.2023.03.011.

Источник: vk.com

Комментарии: