РНК помогает формированию компартментов в ядре.

МЕНЮ


Главная страница
Поиск
Регистрация на сайте
Помощь проекту
Архив новостей

ТЕМЫ


Новости ИИРазработка ИИВнедрение ИИРабота разума и сознаниеМодель мозгаРобототехника, БПЛАТрансгуманизмОбработка текстаТеория эволюцииДополненная реальностьЖелезоКиберугрозыНаучный мирИТ индустрияРазработка ПОТеория информацииМатематикаЦифровая экономика

Авторизация



RSS


RSS новости


В геноме млекопитающих закодированы тысячи некодирующих РНК, некоторые из которых точно играют регуляторную роль. Например, РНК Xist замалчивает неактивную Х-хромосому, а РНК Malat1 является платформой для сборки белков в спеклах. Однако, роль многих РНК одновременно до недавнего времени не изучалась.

Ученые под руководством Митчелла Гуттмана модифицировали метод SPRITE, которым можно детектировать взаимодействия между участками ДНК в ядре. В этом методе хроматин сшивают, фрагментируют и баркодируют – пришивают уникальные последовательности ДНК к отдельным кусочкам хроматина. После этого ДНК секвенируют. SPRITE главным образом отличается от всем известного Hi-C тем, что в нем близкие участки ДНК не сшиваются, а детектируются по одинаковым баркодам при секвенировании. А в этой работе исследователи адаптировали метод SPRITE так, что стало можно детектировать не только ДНК-ДНК, но и РНК-ДНК и РНК-РНК контакты.

Они применили его к эмбриональным стволовым клеткам самки мыши, в которых была неактивная X-хромосома. Как и ожидалось, РНК Xist была на неактивной Х-хромосоме, РНК Malat1 на генах, читаемых РНК-полимеразой II, а теломеразная РНК возле теломер.

Ученые ингибировали транскрипцию актиномицином D и обнаружили снижение уровня многих РНК, а также потерю ДНК-ДНК контактов генов малых ядрышковых РНК, а также гистоновых генов. Однако, этот результат нужно интерпретировать с осторожностью: актиномицин D помимо ингибирования транскрипции разрушает ядрышко, и изменения в 3D структуре генома могут быть следствием этого.

Еще исследователи обнаружили перицентромерные РНК на перицентромерном хроматине, а когда их убрали из клеток, это вело к диссоциации HP1a от гетерохроматина. Это подтвердило похожие эксперименты, которые проводили до этой работы.

Получается, можно детектировать глобальные РНК-ДНК и РНК-РНК контакты и смотреть, как меняется структура генома под различными воздействиями (Quinodoz et al., 2021).

Quinodoz, S.A., Jachowicz, J.W., Bhat, P., Ollikainen, N., Banerjee, A.K., Goronzy, I.N., Blanco, M.R., Chovanec, P., Chow, A., Markaki, Y., et al. (2021). RNA promotes the formation of spatial compartments in the nucleus. Cell 184, 5775-5790 e5730.


Источник: pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

Комментарии: