Сравнение вируса SARS-CoV-2 и особо опасных инфекций

Медицинское заключение Международной Общественной Организации «Независимая Ассоциация Врачей»

«Сравнительная характеристика вируса SARS-CoV-2 и особо опасных инфекций»

Данное заключение о сложившейся катастрофической ситуации в системе здравоохранения и оказания медицинской помощи населению РФ подготовлено на основании изучения статистического материала, мировых публикаций, официальных данных с сайтов государственных учреждений и личном опыте врачей, входящих в Независимую Ассоциацию Врачей РФ. Стимулом для обнажения и усугубления всех проблем в системе здравоохранения РФ выступила регистрация заболевших новой коронавирусной инфекцией.

О вирусе

Международный комитет по таксономии вирусов 11 февраля 2020 г. присвоил официальное название возбудителю новой коронавирусной инфекции – SARS-CoV-2. Всемирная организация здравоохранения 11 февраля 2020 г. дала официальное название новому инфекционному заболеванию – COVID-19 («Coronavirus disease 2019») [Голубева Н.В., Иванов Д.В., Троицкий М.С. Панические расстройства во внутрисемейных отношениях, как последствия воздействия коронавирусной инфекции (обзор литературы) // Вестник новых медицинских технологий. Электронное издание. 2020. №2. Публикация 1-5. URL: http://www.medtsu.tula.ru/VNMT/Bulletin/E2020-2/1-5.pdf (дата обращения: 24.04.2020). DOI: 10.24411/2075-4094-2020-16629]. SARS-CoV-2 объявлен высокопатогенным штаммом большого семейства коронавирусов (подсемейство Betacoronavirus). Его известные патогенные предшественники SARS-CoV и MERS-CoV – атипичная пневмония и ближневосточный респираторный синдром, соответственно которые также относятся к семейству коронавирусов [Хадарцев А.А. Биофизические аспекты управления жизнедеятельностью коронавирусов (обзор литературы) // Вестник новых медицинских технологий. 2020. №1. С. 119–124. DOI: 10.24411/1609-2163-2020-16610].

Геном этих вирусов, представленный одноцепочечной РНК, окружён мембраной, в состав которой входят S-белки. S-белки обуславливают относительно низкую устойчивость этих вирусов в открытом пространстве: белки быстро подвергаются денатурации при свободном доступе кислорода или других окислителей. Однако именно S-белки позволяют вирусам проникать внутрь живых клеток. В настоящее время известно 43 вида коронавирусов, и только 7 являются патогенными для человека. Структурные белки SARS-CoV-2 имеют более низкие значения эффективного числа кодонов по сравнению с SARS летучей мыши и другими патогенными штаммами, что подразумевает более высокую эффективность экспрессии генов структурных белков SARS-CoV-2 [KandeelM., IbrahimA., FayezM., Al-NazawiM. FromSARSandMERSCoVstoSARS-CoV-2: MovingTowardMoreBiasedCodonUsageinViralStructuralandNonstructuralGenes. // J.Med.Virol. 2020. Mar. 11;10.1002/jmv.25754. doi: 10.1002/jmv.25754. [PMID: 32159237]]. Проникновение коронавируса внутрь живой клетки обеспечивают S-белки, которые связываются с трансмембранными рецепторами.

В конце 2019 г. в Ухане произошла вспышка пневмонии неизвестной этиологии, о чём Китай, согласно международным правилам, сообщил в ВОЗ. В течение нескольких недель Всемирная организация здравоохранения объявила о новом коронавирусе, предварительно названном 2019-nCoV [JasperFuk-WooChan, Kin-HangKok, ZhengZhu, HinChu, KelvinKai-WangTo, ShuofengYuan, Kwok-YungYuen. Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan.// Emerg Microbes Infect. 2020. Jan. Т.28. № 9(1). Р. 221-236. doi: 10.1080/22221751.2020.1719902. eCollection 2020. [PMID: 31987001]]. Не было опубликовано никаких работ, посвящённых выявлению возбудителя этой необычной пневмонии. Не было дано никаких официальных пояснений, почему отсеяны варианты бактериального, грибкового или иного происхождения этого заболевания. Не опубликовано данных, которые доказывали бы вирусную этиологию COVID-19.

То, что причиной нового заболевания является вирус, было объявлено ВОЗ, не установлено, не доказано, а именно объявлено. После чего все исследования были перенаправлены на изучение новой коронавирусной инфекции.

В настоящее время в научной литературе можно найти заявления, что вирус SARS-CoV-2 был исследован на соответствие классическим постулатам Коха. Следует отметить, что эти постулаты были разработаны для доказательства связи бактериального возбудителя с соответствующим заболеванием. Однако эти заявления ссылаются на результаты работ Института Вирусных Исследований в Китае [GuoY.R., CaoQ.D., HongZ.S., TanY.Y., ChenS.D., JinH.J., TanK.S., WangD.Y., YanY. Theorigin, transmissionandclinicaltherapiesoncoronavirusdisease 2019 (COVID-19) outbreak — anupdateonthestatus. //Mil Med Res. 2020. Mar. Т. 13. №7(1).Р.11. [PMID: 32169119]]. Несмотря на это, Институт Вирусных Исследований сообщает в апреле 2020 г., что «загадка данного заболевания полностью не раскрыта». Более того, исследователи этого института отмечают, что собранных данных недостаточно, чтобы подтвердить причинно-следственную связь между коронавирусом нового типа и респираторным заболеванием согласно классическим или модифицированным (предложены Фредриксом и Релманом) постулатам Коха [HongzhouLu, CharlesWStratton, Yi-WeiTang. Outbreak of pneumonia of unknown etiology in Wuhan, China: The mystery and the miracle.//J Med Virol. 2020. Apr. Т.92. №4. Р. 401-402. doi: 10.1002/jmv.25678. Epub 2020 Feb 12. [PMID: 31950516]].

В работе коллектива авторов из КНР [Wu F., Zhao S., Yu B., Yan-Mei Chen, Wang W., Zhi-Gang Song, Hu Y., Zhao-Wu Tao, Jun-Hua Tian, Yuan-Yuan Pei, Ming-Li Yuan, Yu-Ling Zhang, Fa-Hui Dai, Yi Liu, Qi-Min Wang, Jiao-Jiao Zheng, Lin Xu, Edward C Holmes, Yong-Zhen Zhang. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. // Nature. 2020. Mar. T. 579. №7798. P. 265-269. DOI: 10.1038/s41586-020-2008-3. [PMID: 32015508]] заявлено, что секвенирование метагеномной РНК образца жидкости бронхоальвеолярного лаважа, полученного от пациента, выявило новый штамм РНК-вируса из семейства коронавирусов. Однако в действительности была проведена следующая работа: секвенировано 56565928 последовательностей, которые были собраны «de novo» и проверены на потенциальные этиологические агенты. Всего было получено 384096 таких контигов (искусственно созданных последовательностей в процессе сборки). Самый длинный из них, 30474 нуклеотидов, был обнаружен в наиболее высокой концентрации, и его нуклеотидная последовательность на 89,1% совпадала с последовательностями группы SARS-подобных коронавирусов (род Betacoronavirus, подрод Sarbecovirus), которые ранее были обнаружены у летучих мышей в Китае.

Таким образом, новый штамм коронавируса (геном, окруженный мембраной с S-белками) не был выделен из лёгочной жидкости пациентов, страдающих от предположительно нового заболевания. Была получена лишь некая искусственно собранная последовательность, напоминающая SARS-подобные вирусы. Это означает, что причинно-следственная связь между новыми вирусом и заболеванием до сих пор не доказана.

Подтверждение последнему было опубликовано в документе CDC на сайте FDA. В июле 2020 года в документе от CDC, размещённом на сайте FDA [CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel CDC-006-00019, Revision: 05 CDC/DDID/NCIRD/ Division of Viral Diseases Effective: 07/13/2020. P.60] опубликовано, что поскольку количественные изоляты вируса 2019-nCoV в настоящее время недоступны, анализы, предназначенные для обнаружения РНК 2019-nCoV, были протестированы с использованием охарактеризованных запасов полноразмерной РНК, транскрибированной in vitro (ген N; доступ в GenBank: MN908947.2) с известным титром (копий РНК/мкл), который добавляли в разбавитель, состоящий из суспензии человеческих клеток A549 и вирусной транспортной среды (VTM), чтобы имитировать клинический образец. В сентябре 2020 года получено очередное подтверждение из того же источника [CDC Influenza SARS-CoV-2 (Flu SC2) Multiplex Assay. Инструкция. CDC/DDID/NCIRD/Influenza Division. Сентябрь 2020. С.64] о том, что комбинированный FluSC2PC состоит из РНК инактивированного вируса гриппа A, инактивированного вируса гриппа B и синтетической РНК SARS-CoV-2, и нуклеиновой кислоты, экстрагированной из эпителиальных клеток лёгких человека A549. С помощью данного теста (Flu SC2-EUA), основанного на RT-ПЦР анализе, невозможно исключить заболевание, вызванное другими вирусами или бактериями. Таким образом, данный тест может давать ложноположительные результаты, которые однозначно приведут к неадекватному лечению и неверным организационным решениям.

Интересным представляется тот факт, что на момент подготовки экспертизы по данным независимой организации GISAID [https://www.gisaid.org/epiflu-applications/phylodynamics/] в период с декабря 2019 года по декабрь 2020 года было получено свыше 3568 геномных разновидностей hCoV-19 по всему миру из всех стран, включая Россию. Представляемые цифры не дают понимания, насколько они впечатляют, если не провести сравнения с данными по гриппу или по туберкулёзу, представленными той же независимой организацией. В частности по туберкулёзу с января 1970 года по август 2018 года (за 48 лет!) получено 999 геномных разновидностей микобактерий туберкулёза [https://www.gisaid.org/epiflu-applications/phylodynamics/]. По гриппу А с декабря 2013 года по сентябрь 2020 года (за 7 лет) выделено 1611 геномных разновидностей [https://www.gisaid.org/epiflu-applications/phylodynamics/]. Сравнивая полученные данные, появляются предположения, что вирус SarsCov-2 обладает чрезвычайной изменчивостью после прохождения через популяцию. Причём изменения идут в сторону снижения тяжести заболевания, что видно по изменению клинической картины у заболевающих.

О диагностике COVID-19

Чрезвычайно важно акцентировать внимание на том, что по официальным данным только в начале марта 2020 года появляются первые заболевшие россияне [https://rg.ru/2020/03/03/koronavirus-hronika-rasprostraneniia.html]. Также очень интересным представляется факт, что в 2020 году диагностику ОРВИ (новая коронавирусная инфекция относится к ОРВИ) с постановкой диагноза стали проводить не на основании клинических данных и симптоматики, а на основании ПЦР-тестов и КТ. Следует отметить, что КТ позволяет лишь определить изменения в тканях лёгких, т.е. результат, а не причину. Акцентирование на измерении сатурации также не является этиологичным для COVID-19, так как сниженная сатурация не позволяет говорить о вирусной инфекции, снижение уровня кислорода в крови может произойти по разным причинам. А для проведения тестирования на наличие антител необходим образец активной формы вируса.

Необходимо остановиться на ПЦР-тестировании. Данный метод разработан для увеличения числа копий ДНК, используется также для: введения мутации, сращивания фрагментов ДНК, диагностики наследственных генетических заболеваний, установления отцовства, клонирования и выделения новых генов. В упрощённом виде процедура ПЦР выглядит следующим образом: к образцу, содержащему ДНК, добавляют нуклеотиды (строительные блоки) и полимеразу (фермент) и нагревают (плавят), чтобы между цепями молекулы ДНК разрушились водородные связи. Затем понижают температуру (отжиг), чтобы праймеры связались с цепью ДНК. Повторяют цикл. Температура и время отжига сильно сказываются на результате. Неверный выбор этих параметров может привести к появлению не тех продуктов. В случае РНК используют RT-PCR. Поскольку РНК – это одна цепь, чтобы провести ПЦР с неё в начале делают обратную транскрипцию, т.е. искусственно создают такую ДНК, которая может экспрессировать эту РНК последовательность.

Для осуществления этого процесса необходимо создать праймеры – минимальные генетические последовательности 18–24 нуклеотидов. Чтобы создать такие праймеры необходимо знать точную последовательность РНК, копии которой требуется увеличить. Таким образом, выбрав определенный участок ДНК или РНК, к этому участку создается точно комплементарная цепь – праймер. Далее следует предположение, что исследователю удастся подобрать такие экспериментальные условия, при которых этот праймер будет образовывать супрамолекулярную структуру именно с заданным участком. На деле это не такая уж и простая задача. Кроме того, ПЦР должен иметь стандарт. Полученные копии в обязательном порядке должны сравниваться с эталонным образцом. Для этого необходимо знать точную последовательность генома искомого вируса. Также желательно иметь не только положительный, но и отрицательный контроль, а также сравнивать с геномами других SARS-подобных вирусов, чтобы иметь возможность отличить SARS-CoV-2 от других штаммов.

Ошибки, допущенные при создании ПЦР-тестов для диагностики SARS-CoV-2, подробно разобраны в работе Review report Corman-Drosten et al. Eurosurveillance 2020, опубликованной 27 ноября 2020 [https://cormandrostenreview.com/report/].

В декабре 2020 года ВОЗ официально заявила, что неоднократно получала сообщения от пользователей данными тест-системами о ложных результатах при тестировании образцов на наличие РНК вируса SARS-CoV-2 с помощью реагентов RT-PCR в открытых системах.

Важно отметить, что представленный медицинский продукт, разработанный для конкретной задачи, как и любая другая диагностическая процедура, имеет определённый диапазон обнаружения. Порог обнаружения РНК вируса SARS-CoV-2 снижается по мере того, как уменьшается число положительных результатов после проведения тестирования. Это означает, что чем ниже порог обнаружения, тем меньше вероятность того, что человек с положительным результатом (обнаружен SARS-CoV-2) действительно инфицирован [https://www.who.int/news/item/14-12-2020-who-information-notice-for-ivd-users].

Таким образом, ПЦР-тестирование не является надёжным диагностическим методом. Именно ложноположительные результаты такого тестирования и привели к возникновению антинаучного термина «бессимптомные больные». Бессимптомные больные – это здоровые люди, поскольку болезнь устанавливается в первую очередь по клинической картине.

О заболеваемости

На момент подготовки материала к данному заключению, не обращая внимания на разные формулировки на сайтах Министерства Здравоохранения РФ и Роспотребнадзора, где написано в одном случае – «подтверждено» [https://covid19.rosminzdrav.ru/], во втором случае – «зарегистрировано» [https://www.rospotrebnadzor.ru/about/info/news_time/news_details.php?ELEMENT_ID=13566], оба официальных источника сходятся на одной цифре – 2 963 688 случаев на 24 декабря 2020 года. Таким образом, с марта 2020 года по декабрь 2020 года включительно, то есть за 10 месяцев или 294 дня на момент написания данного заключения отмечено 2 963 688 случаев. Обратим внимание на статистику по сезонному ОРВИ и гриппу. Эпидемический порог в этом году по гриппу и ОРВИ считается 724 человека на 100 тыс. населения в неделю. [ФГБУ «НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева» МЗРФ [https://www.influenza.spb.ru/system/epidemic_situation/laboratory_diagnostics/]. Таким образом, эпидемический порог в этом году по гриппу и ОРВИ составляет (с учётом населения РФ на 01.01.2020 – 146,748 млн.чел.) 1 062 459 в неделю или 4,2 млн в месяц. Это показывает, что количество заболевших новой коронавирусной инфекцией за 10 месяцев даже не приблизилось к месячному эпид.порогу!

Источник: www.influenza.spb.ru

Комментарии: