Визуализация молекул в VRmol

В статье, вышедшей в журнале Bioinformatics (IF = 5.61), научному миру представили веб-сервис VRmol, который позволяет визуализировать и изучать структуры молекул. Причём есть возможность делать это, используя системы виртуальной реальности.

В VRmol интегрированы различные базы данных, например, базы геномных вариаций (TCGA, ExAC, dbSNP) или базы лигандов, с которыми в этом же VRmol можно проводить молекулярный докинг.

Аналогов у веб-сервиса немало: часто в исследованиях используются программы GRASP, RasMol, PyMol, UCSF Chimera. По утверждению авторов, хотя и очень спорному, эти программы нередко бывают сложны в установке и использовании. Есть и более простые в работе веб-сервисы, например, AstexViewer, Jmol, 3Dmol.js, NGL Viewer, LiteMol, Molstar и Web3DMol, но, опять же, как пишут авторы статьи, они не дают ожидаемого набора возможностей для работы со структурами молекул.

С этими утверждениями можно и согласиться, и не соглашаться, но мы расскажем о том, что же предложили в статье. А предложили они веб-сервис VRmol, в котором воссоздаётся виртуальная реальность (хотя есть опция работать и «обычно», без неё) и уже в ней можно визуализировать и изучать молекулу. Опять же, у этого подхода существуют аналоги, например, UCSF ChimeraX, Autodesk Molecular Viewer. Nanome, Narupa/iMD-VR, UnityMol и ProteinVR. Чего в них нет такого, что есть во VRmol? Как обычно, деталей. В них нет опции подгрузки из других баз геномных вариантов, молекулярного докинга, возможности редактировать структуры.

В VRmol доступны многие стандартные возможности программ для структурной биоинформатики, например, привычные стили визуализации молекулы (ribbon, stick и др.), но ещё, как мы рассказали, можно картировать на структуру геномные варианты из баз TCGA, CCLE, ExAC и dbSNP. Эта информация будет полезна для понимания того, располагаются ли мутации кластерами, либо случайно. Есть ли «горячие точки» или, наоборот, «холодные точки» мутаций. С использованием баз лигандов и лекарственных молекул, а именно: DrugBank, ChEMBL, BindingDB, SwissLipids и GuidetoPHARMACOLOGY, можно проводить молекулярный докинг.

Ссылка на VRmol: https://vrmol.net/
Ссылка на открытый код: http://github.com/kuixu/VRmol
Ссылка на статью: https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btaa696/5879988?redirectedFrom=fulltext

Источник: m.vk.com

Комментарии: