Красивая визуализация геномных аннотаций с DNA Features Viewer

В Python существует множество разных биоинформатических пакетов, необходимых для анализа данных. Но данные нужно не только хорошо и правильно анализировать, но и красиво визуализировать, чтобы другие могли их быстро и легко понять, а также получить эстетическое удовольствие от созерцания.

Библиотека DNA Features Viewer позволяет визуализировать геномные аннотации, например, показать проаннотированный элемент, его тип, начало и конец, название, виды, у которых встречается, и другие характеристики. В том числе, эта библиотека позволяет пользователю менять цвет, шрифты и представлять данные так, как хочется.

На самом деле, визуализация данных – очень важная часть в биоинформатике, и, конечно, есть множество способов, которые позволяют это делать. Как примеры таких программ (и в копилку для вас), можно указать SnapGene Viewer или Benchling, которые дают возможность выделять цветом, что-то показывать, а что-то скрывать из визуализации аннотации, но не могут быть автоматизированы и количество опций в них всё же ограничено. Существует ещё gff2ps, а также некоторые библиотеки для Python, например, DnaPlotLib и Biopython, в которых всё равно приходится над каждой аннотацией работать отдельно, а также в них, к сожалению, нет автоматических правок ситуаций, когда фрагменты рисунка или подписи перекрываются.

Со всем этим справляется библиотека для Python, о которой мы рассказываем – DNA Features Viewer. Она использует аннотации из GFF файлов, Biopython SeqRecords, либо Genbank, которые переводит в так называемые graphic records, определяющие визуальные характеристики каждой аннотации. Именно с ними уже и можно работать и приводить визуализацию к желаемому виду. Класс, который производит перевод аннотации, позволяет выбирать что показывать, а что – нет, определять цвет и другие параметры объектов на рисунке. Сохранять полученные схемы можно в форматах PNG, SVG, PDF и ещё некоторых других.

Ссылка на GitHub – https://github.com/Edinburgh-Genome-Foundry/DnaFeaturesViewer. Кстати, здесь сразу есть примеры кода и картинок, которые с его помощью создаются. Очень полезно!

Ссылка на документацию – https://edinburgh-genome-foundry.github.io/DnaFeaturesViewer/
Ссылка на статью – https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btaa213/5868559.

Источник: m.vk.com

Комментарии: