Кулинарная книга биоинформатики: где биологу найти пайплайны для анализа данных

Когда биологам в работе нужно использовать какие-либо биоинформатические программы, то часто они сталкиваются с тем, что графического интерфейса нет, только командная строка, нужны специальные форматы данных, да и ещё обнаруживают себя другие подводные камни. Но главное – непонятно, каким способом решать задачу, какие программы использовать и в какой последовательности.

Относительно недавно появился ресурс, в котором собраны «рецепты» для основных биоинформатических задач, и который облегчит жизнь биолога при встрече с кажущимися трудностями.

Веб-приложение Bioinformatics Recipes позволяет учёным выкладывать в открытый доступ скрипты для анализа данных (так называемые «рецепты»), а также запускать и использовать «рецепты» других пользователей.

Что вообще такое «рецепт»? Это последовательный набор команд, который применяется для биоинформатического анализа данных. Многие из тех «рецептов», которые есть сейчас на сайте (но список пополняется, в том числе, можно добавлять и самим), показывают типичные случаи, например, Short Read Alignment, Bacterial Variant Calling, FASTQ data quality control и другие. При этом они могут в себе совмещать использование сразу нескольких программ. Эти «рецепты» можно запускать прямо на сайте и затем смотреть подробные результаты через веб-интерфейс, либо можно скопировать и запускать на другом компьютере или кластере. Подытоживая, получается, что пользователь создаёт проект, в который загружает данные, выбирает из уже имеющихся или добавляет свои собственные «рецепты», которые будут использованы, и получает подробно описанные результаты в отдельной директории. И всё это с использованием веб-интерфейса.

Bioinformatics Recipes позволяет хранить «рецепты» не только в открытом доступе, но и в закрытом, например, для работы над проектами в научных лабораториях. Вообще, если представить себе лабораторию, в которой есть биологи и биоинформатики, и биологи хотят проверить результат, полученный коллегами, либо поучаствовать в анализе данных и, например, запустить программу с другими параметрами, то приложение будет очень простым и полезным помощником в этом.

Можно заметить, что Bioinformatics Recipes похож на Galaxy, это тоже веб-приложение, которое через удобный для обычного пользователя интерфейс развертывает ориентированные на командную строку программные средства. Кстати, ещё есть и похожий CIPRES Science Gateway для филогенетических исследований. Но главное отличие Bioinformatics Recipes заключается в том, что, в случае «рецептов», каждый из них можно скачать и запускать отдельно, буквально разбирая код по частям, если необходимо. И в качестве дальнейшего совершенствования себя в биоинформатике :)

Демо-версия – https://www.bioinformatics.recipes/.Руководство к использованию сайта – https://bioinformatics-recipes.readthedocs.io.Ссылка на GitHub – https://github.com/ialbert/biostar-central.Ссылка на статью – https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-020-03602-6.

Источник: m.vk.com

Комментарии: