Цифровые данные по биоразнообразию: как мы стали обладателями сокровищ

Получить базу из 100,000 записей за 5 минут на домашний компьютер? Еще 20 лет назад для ученых-биологов это было в области сказок. Если нужны данные в дополнение к своим — езди по коллекциям (в разных городах!), договаривайся со знакомыми коллегами, переписывай вручную из книжек. Сейчас же — 5 минут настройки фильтров, и множество записей уже ждут аналитической обработки. И с каждым годом объемы и типы доступной информации только возрастают. Найти их можно в базах данных биоразнообразия (biodiversity database).

Уже создано большое число таких порталов, каждый из которых работает с определенными темами. Так, можно выделить таксономические базы и базы «коллекционные». Первые включают информацию о положении таксона в системе живого мира, валидных названиях, синонимах и родственных связях между таксонами (например, TROPICOS). Вторые работают на уровне отдельных организмов и предоставляют информацию о их распространении, внешних признаках. Сюда же включены фотографии, записи голосов птиц, видео, последовательности ДНК и пр. Такие базы можно разделить на «оцифрованные коллекции» и на «аггрегаторы». Примером оцифрованных коллекций может служить портал Цифрового гербария МГУ имени М.В. Ломоносова. В рамках проекта отсканировано более 1 000 000 гербарных образцов с конца XIX века до наших дней, а также проведена оцифровка этикеток (каждое засушенное растение в научном гербарии снабжается этикеткой: где собрано, кем и когда). Для 571 956 образцов сделана геопривязка к карте.

Аггрегаторы пополняются разными людьми и организациями. У каждого проекта свои требования к типам данных, их региональной приуроченности и т.д. Примером может служить — «GBIF» — база по распространению всех видов живых организмов. Она насчитывает 1 411 011 811 записей из 53 090 датасетов*. Скачать их может любой — достаточно пройти регистрацию на портале. А вот добавлять можно лишь от лица научных организаций и в определенном формате.

Некоторые порталы собирают данные более локальных проектов. Таков, например, «Catalog of Life», который аккумулирует записи из 171 базы. К этой же категории относится и «the Encyclopedia of Life». Для интересующих таксонов там можно посмотреть и распространение (из GBIF), и значения отдельных признаков (из TRY-database) и еще ряд параметров.

Для того, чтобы выбрать наиболее полезную лично Вам базу данных, необходимо определиться с несколькими пунктами:

1. какие живые организмы Вас интересуют?
2. какой регион Вас интересует?
3. какого типа данные необходимы? (фото, GPS-точки, таксономическое положение)

Большинство международных сайтов ведется на английском языке, поэтому для наиболее релевантного поиска таких порталов лучше пользоваться поиском Google и вводить запрос на английском.

Ниже приведено несколько порталов, которые могут быть интересны не только ученым, но и всем любителям живой природы.

• iNaturalistКрупный международный портал, куда каждый желающий может добавить свое наблюдение за живой природой. 38 328 497 записей уже доступны на портале. Построен по принципу соцсети. Данные по распространению iNat передает в GBIF, а таксономическую информацию, напротив, получает из «the Plant List». Сайт полностью русифицирован.
• AvibaseПосвящена исключительно птицам. И насчитывает 27,521,252 записей. Интересная фишка системы — выбрать свой регион и скачать для него список встречающихся птиц с фотографиями и базовой информацией. Портал частично переведен на русский язык.
• ООПТ РоссииПортал, посвященный особо охраняемым природным территориям РФ также позволяет узнать, какие виды живых организмов включены в Красные Книги и в каких ООПТ встречаются. Есть поиск по русскоязычным названиям.
• Млекопитающие РоссииНедавно созданный портал обладает очень понятной структурой сайта и уже содержит 7663 фотографий млекопитающих нашей страны. Пользователи могут добавлять свои данные в свободном режиме. Хорошо подойдет для знакомства с фауной страны.

*Все показатели баз приводятся на 21.05.2020

Ксения Дудова

Ссылки на упоминаемые базы

• Цифровой гербарий МГУ
• TROPICOS
• GBIF
• Catalog of Life
• the Encyclopedia of Life
• TRY-database
• iNaturalist
• Avibase
• ООПТ России
• Млекопитающие России

Источник: m.vk.com

Комментарии: