Структуры белков и программирование: чем занимаются биоинформатики

Профессия биоинформатика — одна из самых новых, востребованных, а следовательно, и популярных в научном мире. Мы решили поговорить с Булатом Фаезовым, который занимается биоинформатикой в Dubrack lab в Fox Chase Cancer Center (Филадельфия, Пенсильвания, США) и одновременно с этим учится в аспирантуре Казанского федерального университета.

— Расскажи, пожалуйста, немного о себе. Где ты вырос, учился ранее, чем увлекался?

— Вырос я в Казани, учился сначала в самой обычной дворовой школе до 8 класса. Потом я перешел в татарскую гимназию № 5, где был уклон на татарский и турецкий языки. Английского в школе тоже было много, но я не придавал ему значения, о чем несколько жалею. После этого поступил на биологический факультет КФУ, окончил там бакалавриат и магистратуру, сейчас там же учусь в аспирантуре. До третьего курса занимался тяжелой атлетикой, был даже чемпионом Казани.

— Как так вышло, что сейчас ты живешь и работаешь в США? Как удается совмещать аспирантуру в России и работу здесь?

— Я всегда хотел уехать за границу. Когда поступил в магистратуру, понял, что пора действовать. Стал искать разные программы стажировок, обмена и вообще чего угодно. Везде подавал заявки, писал в лаборатории. В конце концов меня приняли на программу совмещенной магистратуры в Fox Chase Cancer Center. Я уехал в Америку на втором курсе магистратуры, в Казань летал, только чтобы сдать сессию, так как в КФУ пошли мне навстречу. И вот я здесь уже второй год, точно так же дистанционно учусь в аспирантуре, как до этого учился в магистратуре.

— Что представило для тебя наибольшую сложность при переезде в Штаты?

— Я думаю, язык. Дело в том, что до третьего курса я вообще не знал английский. Совсем. В конце второго курса я не занял никакого места по республике на соревнованиях по тяжелой атлетике и понял, что надо менять направление приложения усилий. Важным толчком еще стало то, что тогда я работал в Лаборатории биофизической химии наносистем казанского отделения РАН и мой научный руководитель сказал, что без знания английского я не смогу продолжить работу не то что за границей, но даже в их лаборатории. Ну а потом я, можно сказать, выучил английский за лето. Как минимум поднял с нуля до довольно приличного уровня.

Я в то время жил с родителями в частном доме, в моем распоряжении был почти весь второй этаж, что дало благоприятную почву для самообучения. Я убрал из своей комнаты все книги, журналы, тетради и вообще все, что было на русском. Все устройства переключил на английский, обзавелся учебниками английского. Каждое утро я запасался едой, шел к себе в комнату, запирался на ключ, а ключ выбрасывал в окно. Вечером с работы приходили родители и отпирали меня. Таким образом, мне не оставалось ничего другого, кроме как учить язык. Я читал книги, переводя каждое слово со словарем или переводчиком. Повторял речь за носителями языка, записывал себя на диктофон, слушал и отрабатывал произношение. Смотрел фильмы с субтитрами, а потом и без.

— Сколько, получается, языков ты сейчас знаешь?

— Получается, что четыре? Ну, я свободно владею русским, английским, татарским и турецким.

— Как ты вообще «пришел» в биоинформатику? Как давно этим занимаешься?

— В биоинформатике я только год, но мне очень нравится. В прошлом году я работал в Boumber lab, где занимался созданием моделей раковых опухолей, экспериментируя с мышами. Мне вообще не нравилось ставить те эксперименты. Я буквально ненавидел свою работу. Я снова понял, что надо что-то менять, по пособиям выучился программированию и перешел в мою нынешнюю лабораторию, чтобы заниматься программами для работы со структурами белков.

А вообще, я всегда любил математику и в старших классах хотел стать программистом. Но мои родители хотели, чтобы я был врачом. В итоге я стал учить химию и биологию в дополнение к моему увлечению математикой, но поступил все же не в медицинский, а на биофак, потому что знал, что биологу проще уехать за границу. Ну и вот, я здесь. И за границей, и занимаюсь программированием. И в аспирантуре я сейчас по специальности «математическая биология», хотя в бакалавриате и магистратуре был на биохимии.

— Расскажи, пожалуйста, побольше о том, чем ты сейчас занимаешься. Какие проекты вы реализуете? Ты обычно работаешь удаленно или в офисе?

— Занимаюсь, по сути, программированием. Если вкратце, то мы исправляем ошибки в Protein Data Bank. Давайте чуть подробнее. Чтобы узнать трёхмерную структуру белка, нужно его закристаллизовать и сделать рентгенограмму кристалла. Далее по рентгенограмме кристаллографы определяют относительные координаты атомов. Потом каждый атом в получившейся структуре получает свой номер: 1, 2, 3 и так далее. Проблема в том, что раньше конец и начало белка, а иногда и участки в середине получались нечеткими. Атомы в таких участках не нумеровались. В итоге нумерация атомов всего белка, по сути, является искусственной, она вносит путаницу в работу с данными. Сейчас проблему получения нечетких данных по этим участкам удалось решить, но все равно есть много старых хороших полученных структур с неверной нумерацией. Мы решили это исправить и написали программу, которая перенумерует атомы. В теории звучит очень просто, на практике это заняло у нас несколько месяцев.

На работу я всегда хожу в свой офис, так как это помогает быть дисциплинированным и соблюдать распорядок дня. Но сейчас из-за карантина работаю из дома, и мне это даже нравится.

— Что ты посоветуешь сегодняшним школьникам и студентам младших курсов?

— Быть мотивированными и развиваться. Много читать, заниматься спортом. Ставить цели, строить план их достижения и следовать ему. Не допускайте застоя и не бойтесь пробовать новое, будьте независимы. Если вы думаете, что я всегда только учился и работал в лабораториях, то вы сильно ошибаетесь. В студенческие годы я торговал медом, был вышибалой в ночном клубе, таксистом и даже расчищал снег с крыш. Так что не бойтесь пробовать и зарабатывать разный опыт. Ищите возможности реализации своих идей и не отчаивайтесь, если что-то не получается. Мой принцип: вижу цель — не вижу препятствий. И, конечно, учите английский, если хотите построить карьеру в научной сфере.

Тамара Лосева

Источник: www.inquirer.com

Комментарии: