Сценарии заражения в конкретных городах на основе датасета передвижения людей по России

Статистика для Москвы в сценарии «люди стараются сидеть по домам, нет авиасообщения» — к ноябрю модель показывает 5 миллионов переболевших. Это ограниченный прогноз на основе неполных данных, ниже будут детали. За ноль принято 22 марта.

В мире было создано несколько моделей распространения инфекции, но ни одна не подходила нормально для России, либо опиралась на плотность населения без правильного графа перемещений людей. Почему? Потому что либо он получается так сложно, что вы окосеете его согласовывать, либо ни у кого в одном месте этого датасета просто нет.

Кроме нас.

Туту.ру с радостью делится данными с журналистами уже 16 лет (огромная часть новостей в духе «Заметен аномальный спрос на Анталию» — это нарезка наших информационных витрин). Но мы исторически никогда не раскрывали сами данные по перемещениям людей целыми блоками.

Мы собрали датасет передвижений людей по России за апрель 2019 и передали его в сообщество Open Data Science. Если вы их не знаете — это объединение преимущественно русских дата-сайнтистов (но со всего мира), которое перерабатывает открытые данные на полезные модели. Некоммерчески. Ниже выводы, таблица с прогнозом по каждому крупному городу, сам датасет (если вы хотите попробовать с ним что-то сделать). Про то, как работает модель и какая математика и ограничения лежат внутри, расскажет ODS через пару часов. И выложит исходники. UPD: вот.

Датасет

Это то, как люди путешествовали по стране за прошлый апрель-2019 (с некоторыми погрешностями). Датасет представляет собой набор векторов от города к городу (первый указанный город — откуда, второй — куда), вид транспорта и число пассажиров, восстановленное до 100%. Датасет представляет собой статистические обезличенные данные, касающиеся групп людей.

Вот визуализация сета. За неё ещё раз спасибо Safronov. Ограничения данных: автобусы — самая неточная часть датасета. Мы не можем точно знать, сколько людей проехало на автобусах из-за так называемых «серых» перевозчиков, которых мы не поддерживаем на платформе. Но мы постарались восстановить эти данные по известным маршрутам. В авиа и железной дороге данные куда более точные, но не на 100%. Мы не видим перемещения военных, персонала железной дороги, детские вагоны и прочие необычные билеты. Есть ряд перевозок вроде вертолётных маршрутов между городами Дальнего Востока и винтомоторной авиация Якутии. В авиации наше покрытие рынка очень хорошо по всей европейской части России и падает к востоку (во Владивостоке, Новосибирске и Хабаровске данные наиболее точны в восточной части страны). На железнодорожных билетах погрешность довольно мала.

Если человек ехал в поезде Москва – Петербург и вышел в Твери, то он считается за пассажира Москва – Тверь.

Можно получить более точные данные через разных перевозчиков, ведомства и официальную статистику, но это почти невозможно на практике в короткие сроки. Наши данные достаточны для оценки, но просто помните, что они также собраны и восстановлены с некоторой погрешностью.

Забрать его можно вот тут. Через пару часов будет публикация о том, как работает модель и что у неё под капотом, и ODS раскроет исходники. Там будет репозиторий с уже уложенным этим датасетом и другими (вроде поставленной в соответствие карты городов по названиям с координатами и количеством заболевших). Если что-то сделаете с ним — покажите, пожалуйста, в личку или в мою почту noreply@tutu.ru.

Сценарии

Есть три базовых сценария: «мы ничего не трогаем, всё идёт как обычно» — дальше всё предсказуемо плохо по уровню заражения. Второй сценарий — «мы перекрываем всё авиасообщение и люди стараются сидеть дома, но машины и поезда продолжают ездить». Третий сценарий — закрытие основных транспортных хабов. С учётом свежих изменений, мы посчитали первый (в CSV есть выводы), но взяли также выводы четвёртого, где смоделировали сокращение трафика по стране до 10% от обычного.

По той же ссылке CSV сценариев. Мировое сообщество не первый раз встречается с эпидемиями и не первый раз прогнозирует их развитие с помощью матмоделей. Математика местами сложная, нейросети не нужны. Но моделирование потоков между вершинами графа математически очень близко к самым современным архитектурам нейросетей. Алгоритмы распространения эпидемии давно известны, нужно только задать параметры вроде контагиозности. Которые за нас подсчитали китайцы, итальянцы и остальные, кто столкнулся с проблемой ранее. Прошлый пост с кучей ссылок на исследования, верифицированный врачами, во многом был сбором начальных данных для модели. Тем не менее ещё раз предупреждаю: в модели используются не совсем точные исходные данные, среди разработчиков нет профессиональных эпидемиологов (но мы пользуемся их алгоритмами), модель имеет свои ограничения. Детали по SIR будут в посте ODS. Оценочная точность — до порядка. Работа модели выглядит так:

1. Считаем распространение болезни за день.
2. Считаем, сколько людей переехало в другой город на основе взвешенных векторов перевозок.
3. Пересчитываем количество инфицированных в городах.
4. Запускаем следующий такт.

Шум в начале модели вызван тем, что отправная точка — 22 марта 2020, и она не учитывает тех, кто заразился где-то за рубежом до этого и никак себя не проявил до теста в последующие дни. Важно и то, что опорные данные модели — это не фактическое количество больных, а количество протестированных с положительным тестом на COVID-19. То есть переносчиков по факту может быть больше, и цикл заражения сократится. Заражения внутри транспорта пока не учитываются в модели.

Результаты

Показываю два расчётных экстремума — что будет, если ничего не делать (вариант 1) и принять максимум мер, но не включать режим тотального карантина с границами по кварталам (вариант 2).

Всё по той же ссылке CSV выгрузки, в формате таблицы ниже.

Сценарий 1: самый быстрый

Сценарий 1 — самый плохой с точки зрения распространения инфекции, когда сохраняется 100% трафика между городами (сейчас он уже ниже), а люди не стараются самоизолироваться, например, ездят на автобусах и в метро на вот такие ярмарки, но при этом соблюдают рекомендации по мытью рук и стараются соблюдать дистанцию (с переменным успехом). Моделируется полгода, поэтому, например, Москва не будет излечена до состояния «менее тысячи инфицированных одновременно» в рамках периода отработки модели. Параметры колонок — количество одновременно инфицированных пациентов (выздоровевшие туда не входят). Первый порог начинается с «больше тысячи» (это день, когда в городе число одновременно инфицированных превышает тысячу), дальше 10 и 100 тысяч. Четвёртая колонка — момент, когда субъективно можно переставать прятаться, меньше 1000 одновременно инфицированных. Числа в колонках — день достижения порога. Например, Москва набирает первую тысячу одновременно инфицированных по прогнозу модели в этом сценарии за 13 дней.

Город			>1000	>10.000	>100.000 <1000 Москва			13	25	38	- Санкт-Петербург		23	33	45	- Ижевск			28	40	57	- Нижний Новгород		30	41	55	- Ростов-на-Дону		30	41	56	- Архангельск		32	44	-	172 Брянск			32	44	64	174 Воронеж			33	44	58	- Ярославль		33	45	61	- Сыктывкар		34	47	-	171 Пенза			35	47	64	- Рязань			35	46	63	- Тула			35	46	64	- Симферополь (Крым)	36	48	-	178 Белгород		37	49	-	177 Иваново			37	49	-	- Краснодар		37	48	63	- Липецк			37	48	66	- Саратов			37	48	63	- Смоленск		37	49	-	175 Астрахань		38	49	67	- Волгоград		38	48	62	- Казань			38	48	63	- Сочи			38	50	-	- Ставрополь		38	50	-	- Тамбов			38	50	-	171 Владимир		39	50	-	176 Калуга			39	51	-	174 Елец			40	54	-	152 Каменск-Шахтинский	40	54	-	149 Псков			40	52	-	165 Чебоксары		40	52	73	- Алексин			41	59	-	140 Новгород Великий	41	53	-	167 Старый Оскол		41	53	-	165 Волгодонск		42	54	-	160 Вологда			42	53	-	174 Екатеринбург		42	54	71	- Кострома		42	54	-	170 Курск			42	53	-	- Минеральные Воды	42	59	-	148 Орёл			42	54	-	174 Ржев			42	60	-	140 Самара			42	53	69	- Таганрог		42	54	-	169 Калининград		43	55	-	- Кольчугино		43	63	-	133 Махачкала		43	55	73	- Уфа			43	54	70	- Шахты			43	55	-	168 Великие Луки		44	57	-	149 Ливны			44	62	-	134 Переславль-Залесский	44	68	-	131 Пермь			44	55	72	- Узловая			44	61	-	136 Белая Калитва		45	66	-	132 Йошкар-Ола		45	57	-	171 Моршанск		45	67	-	130 Новочеркасск		45	58	-	161 Рыбинск			45	57	-	164 Тверь			45	56	-	- Тихвин			45	61	-	138 Вязьма			46	62	-	136 Касимов			46	-	-	126 Киржач			46	-	-	124 Киров			46	-	-	127 Мурманск		46	58	-	176 Муром			46	59	-	152 Новосибирск		46	57	75	- Петрозаводск		46	58	-	174 Скопин			46	-	-	123 Тюмень			46	58	80	- Челябинск		46	58	75	- Анапа			47	64	-	143 Богородицк		47	-	-	124 Ейск			47	61	-	146 Камышин			47	61	-	156 Кинешма			47	61	-	146 Красноярск		47	60	81	- Омск			47	59	77	- Оренбург		47	59	81	- Саранск			47	59	-	177 Сергиев Посад		47	61	-	151 Сургут			47	60	-	- Углич			47	-	-	126 Ульяновск		47	58	78	- Ухта			47	61	-	154 Химки			47	60	-	169 Балаково		48	61	-	176 Балашов			48	62	-	145 Владикавказ		48	60	-	- Гагарин			48	-	-	123 Данков			48	-	-	115 Дятьково		48	-	-	122 Ковров			48	60	-	158 Новошахтинск		48	62	-	152 Обнинск			48	61	-	150 Пущино			48	-	-	115 Рассказово		48	67	-	131 Рославль		48	64	-	135 Сафоново		48	66	-	131 Ярцево			48	65	-	132 Валуйки			49	-	-	126 Вязники			49	71	-	129 Губкин			49	63	-	147 Десногорск		49	-	-	122 Зарайск			49	-	-	118 Керчь			49	62	-	159 Лебедянь		49	-	-	115 Людиново		49	-	-	129 Миллерово		49	-	-	127 Мичуринск		49	63	-	149 Можайск			49	-	-	123 Мценск			49	69	-	130 Назрань			49	64	-	149 Нелидово		49	-	-	118 Нижнекамск		49	62	-	- Нижний Ломов		49	-	-	116 Севастополь		49	61	-	- Элиста			49	62	-	151 Волоколамск		50	-	-	117 Егорьевск		50	65	-	142 Кузнецк			50	65	-	151 Майкоп			50	63	-	160 Озёры			50	-	-	119 Петровск		50	-	-	124 Протвино		50	-	-	127 Ряжск			50	-	-	115 Урюпинск		50	-	-	130 Чайковский		50	64	-	150 Шуя			50	66	-	137 Ялта			50	65	-	147 Адлер			51	64	-	156 Арзамас			51	65	-	154 Армавир			51	64	-	170 Борисоглебск		51	66	-	140 Владивосток		51	64	94	- Кисловодск		51	65	-	160 Коломна			51	65	-	163 Набережные Челны	51	64	-	- Остров			51	-	-	115 Павловск		51	-	-	118 Пикалёво		51	-	-	115 Пятигорск		51	64	-	165 Россошь			51	67	-	140 Ростов Великий		51	-	-	122 Сальск			51	67	-	140 Серпухов		51	65	-	160 Старая Русса		51	-	-	123 Тольятти		51	63	84	- Феодосия		51	66	-	143 Хабаровск		51	64	92	- Юрьев-Польский		51	-	-	113 Алексеевка		52	-	-	128 Ахтубинск		52	-	-	134 Бокситогорск		52	-	-	109 Будённовск		52	68	-	142 Гуково			52	69	-	143 Кашин			52	-	-	111 Красный Сулин		52	-	-	130 Лодейное Поле		52	-	-	114 Михайловка		52	69	-	140 Морозовск		52	-	-	120 Новороссийск		52	65	-	177 Новый Уренгой		52	67	-	164 Осташков		52	-	-	115 Руза			52	-	-	105 Сарапул			52	66	-	155 Ступино			52	69	-	143 Томск			52	65	-	- Богучар			53	-	-	102 Вичуга			53	-	-	127 Вольск			53	69	-	143 Выкса			53	71	-	139 Грозный			53	67	-	- Грязи			53	73	-	133 Иркутск			53	66	-	- Канаш			53	74	-	135 Козельск		53	-	-	111 Лабинск			53	70	-	142 Нальчик			53	66	-	178 Невинномысск		53	66	-	157 Новомичуринск		53	-	-	112 Орехово-Зуево		53	67	-	161 Барнаул			54	68	102	- Ельня			54	-	-	98 Жирновск		54	-	-	110 Зверево			54	-	-	116 Кашира			54	-	-	131 Клинцы			54	72	-	143 Конаково		54	-	-	132 Кропоткин		54	69	-	149 Микунь			54	-	-	99 Михайлов		54	-	-	102 Обоянь			54	-	-	104 Семикаракорск		54	-	-	118 Сердобск		54	-	-	127 Суровикино		54	-	-	114 Сясьстрой		54	-	-	104 Белореченск		55	74	-	141 Валдай			55	-	-	108 Воткинск		55	71	-	161 Дзержинск		55	70	-	- Железногорск		55	72	-	155 Калач-на-Дону		55	-	-	121 Кингисепп		55	74	-	135 Котово			55	-	-	119 Луга			55	-	-	127 Можга			55	77	-	140 Невель			55	-	-	108 Нижневартовск		55	68	-	- Опочка			55	-	-	101 Орск			55	70	-	- Таруса			55	-	-	97 Чаплыгин		55	-	-	102 Череповец		55	68	-	- Южа			55	-	-	106 Апатиты			56	74	-	143 Благовещенск		56	-	-	143 Волжский		56	69	-	- Выборг			56	72	-	152 Геленджик		56	74	-	140 Глазов			56	73	-	161 Ессентуки		56	71	-	158 Жердевка		56	-	-	107 Западная Двина		56	-	-	98 Ивангород		56	-	-	97 Ипатово			56	-	-	121 Калязин			56	-	-	106 Курган			56	70	-	- Магадан			56	73	-	164 Павлово			56	73	-	142 Порхов			56	-	-	99 Суздаль			56	-	-	100 Сухиничи		56	-	-	109 Уварово			56	-	-	122 Усинск			56	-	-	137 Александров		57	75	-	145 Белинский		57	-	-	94 Зеленокумск		57	-	-	133 Кемерово		57	72	-	- Кириши			57	76	-	143 Луховицы		57	-	-	126 Нефтекумск		57	-	-	124 Новоаннинский		57	-	-	112 Острогожск		57	-	-	130 Салехард		57	-	-	142 Светлоград		57	-	-	132 Сортавала		57	-	-	114 Сосенский		57	-	-	102 Сызрань			57	72	-	- Темников		57	-	-	90 Ханты-Мансийск		57	75	-	166 Чудово			57	-	-	108 Благодарный		58	-	-	129 Велиж			58	-	-	91 Вышний Волочёк		58	78	-	141 Калининск		58	-	-	110 Кимры			58	77	-	139 Магнитогорск		58	74	-	- Медынь			58	-	-	93 Навашино		58	-	-	111 Надым			58	-	-	143 Новохопёрск		58	-	-	88 Ноябрьск		58	74	-	168 Рузаевка		58	-	-	142 Спасск			58	-	-	90 Туапсе			58	75	-	146 Улан-Удэ		58	74	-	- Южно-Сахалинск		58	74	-	- Юхнов			58	-	-	90 Якутск			58	73	-	- Бежецк			59	-	-	123 Бобров			59	-	-	116 Гаврилов Посад		59	-	-	87 Городовиковск		59	-	-	97 Гусь-Хрустальный	59	78	-	148 Евпатория		59	75	-	167 Задонск			59	-	-	97 Зубцов			59	-	-	90 Кирсанов		59	-	-	111 Новозыбков		59	-	-	139 Олонец			59	-	-	96 Петропавловск-Камчатский59	76	-	- Сольцы			59	-	-	98 Харабали		59	-	-	114 Шацк			59	-	-	88 Бологое			60	-	-	123 Вытегра			60	-	-	100 Гороховец		60	-	-	107 Дорогобуж		60	-	-	100 Звенигород		60	-	-	112 Изобильный		60	-	-	139 Котлас			60	81	-	151 Краснослободск		60	-	-	111 Льгов			60	-	-	120 Новоалександровск	60	-	-	125 Новокузнецк		60	74	-	- Окуловка		60	-	-	104 Пролетарск		60	-	-	118 Саров			60	77	-	163 Сасово			60	-	-	127 Спас-Клепики		60	-	-	85 Торжок			60	-	-	140 Унеча			60	-	-	125 Устюжна			60	-	-	97 Балабаново		61	-	-	127 Бутурлиновка		61	-	-	125 Верея			61	-	-	82 Каменка			61	-	-	138 Лазаревское		61	78	-	164 Новочебоксарск		61	79	-	179 Печоры			61	-	-	103 Себеж			61	-	-	87 Сергач			61	-	-	121 Сланцы			61	-	-	134 Азов			62	82	-	167 Аксай			62	-	-	143 Весьегонск		62	-	-	93 Воскресенск		62	83	-	173 Вятские Поляны		62	-	-	138 Демидов			62	-	-	91 Димитровград		62	79	-	175 Дно			62	-	-	96 Донской			62	85	-	160 Жиздра			62	-	-	84 Инсар			62	-	-	96 Ковылкино		62	-	-	123 Кулебаки		62	-	-	139 Лысково			62	-	-	122 Нижний Тагил		62	77	-	- Питкяранта		62	-	-	103 Поворино		62	-	-	116 Серафимович		62	-	-	99 Судогда			62	-	-	104 Тутаев			62	-	-	142 Цимлянск		62	-	-	111 Чита			62	80	-	- Шумерля			62	-	-	135 Абакан			63	81	-	- Алатырь			63	-	-	142 Бузулук			63	85	-	171 Знаменск		63	-	-	133 Кизляр			63	-	-	148 Короча			63	-	-	85 Лиски			63	89	-	155 Малоярославец		63	-	-	135 Ртищево			63	-	-	144 Суджа			63	-	-	86 Тихорецк		63	86	-	158 Торопец			63	-	-	108 Березники		64	79	-	- Вельск			64	-	-	127 Дербент			64	85	-	- Нефтекамск		64	85	-	- Норильск		64	83	-	- Родники			64	-	-	132 Славянск-на-Кубани	64	88	-	160 Тобольск		64	81	-	172 Щигры			64	-	-	118 Агрыз			65	-	-	129 Братск			65	81	-	- Волгореченск		65	-	-	117 Дмитров			65	91	-	164 Донецк			65	-	-	154 Кореновск		65	-	-	147 Коряжма			65	-	-	149 Кубинка			65	-	-	129 Лакинск			65	-	-	117 Миасс			65	82	-	- Мирный			65	-	-	150 Нарьян-Мар		65	-	-	125 Петушки			65	-	-	116 Покров			65	-	-	120 Псебай			65	-	-	105 Пустошка		65	-	-	78 Пучеж			65	-	-	97 Сандово			65	-	-	92 Севск			65	-	-	93 Староминская		65	-	-	146 Стерлитамак		65	82	-	- Темрюк			65	-	-	146 Фурманов		65	-	-	144 Бугульма		66	88	-	176 Воркута			66	91	-	170 Гдов			66	-	-	76 Зеленодольск		66	89	-	- Златоуст		66	82	-	- Малая Вишера		66	-	-	110 Медвежьегорск		66	-	-	115 Рудня			66	-	-	102 Старица			66	-	-	101 Удомля			66	-	-	134 Фатеж			66	-	-	84 Алушта			67	-	-	136 Альметьевск		67	85	-	- Горячий Ключ		67	-	-	137 Духовщина		67	-	-	76 Инза			67	-	-	125 Каменногорск		67	-	-	92 Крымск			67	-	-	163 Кызыл			67	88	-	- Мантурово		67	-	-	119 Моздок			67	-	-	144 Мосальск		67	-	-	75 Няндома			67	-	-	131 Почеп			67	-	-	125 Прохладный		67	96	-	162 Талдом			67	-	-	116 Тимашёвск		67	-	-	160 Анадырь			68	-	-	115 Волжск			68	-	-	167 Вуктыл			68	-	-	110 Георгиевск		68	93	-	172 Губаха			68	-	-	142 Клин			68	95	-	- Костомукша		68	-	-	135 Кувшиново		68	-	-	107 Никольск		68	-	-	100 Павловский Посад	68	100	-	173 Печора			68	-	-	152 Усть-Лабинск		68	-	-	157 Шадринск		68	88	-	169 Шатура			68	-	-	145 Янаул			68	-	-	139 Алапаевск		69	-	-	152 Бежаницы		69	-	-	73 Дагомыс			69	97	-	179 Ершов			69	-	-	129 Кириллов		69	-	-	97 Когалым			69	-	-	161 Краснотурьинск		69	96	-	164 Курганинск		69	-	-	162 Курчатов		69	-	-	159 Нерюнгри		69	-	-	174 Новый Оскол		69	-	-	128 Реж			69	-	-	153 Рыбное			69	-	-	127 Серов			69	90	-	- Фролово			69	-	-	153 Хоста			69	95	-	- Цивильск		69	-	-	117 Бийск			70	87	-	- Волхов			70	-	-	159 Данилов			70	-	-	122 Качканар		70	-	-	156 Красный Холм		70	-	-	89 Макарьев		70	-	-	95 Маркс 			70	-	-	144 Мегион			70	-	-	156 Невьянск		70	-	-	141 Нижняя Тура		70	-	-	139 Новосокольники		70	-	-	100 Починок			70	-	-	103 Снежинск		70	-	-	160 Суоярви			70	-	-	105 Сычёвка			70	-	-	100 Шарья			70	-	-	136 Ачинск			71	92	-	- Домодедово		71	98	-	- Кандалакша		71	-	-	153 Краснокамск		71	-	-	171 Кстово			71	-	-	178 Лахденпохья		71	-	-	100 Лоо			71	-	-	101 Максатиха		71	-	-	99 Оленегорск		71	-	-	137 Соликамск		71	93	-	- Туймазы			71	105	-	177 Железнодорожный		72	100	-	- Каменск-Уральский	72	93	-	- Канск			72	94	-	- Новокуйбышевск		72	99	-	- Новопавловск		72	-	-	144 Нурлат			72	-	-	148 Рошаль			72	-	-	138 Сегежа			72	-	-	148 Сысерть			72	-	-	136 Тавда			72	-	-	150 Тейково			72	-	-	156 Аткарск			73	-	-	144 Бабаево			73	-	-	116 Барыш			73	-	-	131 Емва			73	-	-	124 Зеленогорск (ЗАТО)	73	105	-	175 Калач			73	-	-	136 Кировград		73	-	-	138 Котельнич		73	-	-	145 Лихославль		73	-	-	115 Нариманов		73	-	-	115 Наро-Фоминск		73	-	-	- Нерехта			73	-	-	141 Очёр			73	-	-	127 Палласовка		73	-	-	126 Приволжск		73	-	-	130 Пыть-Ях			73	-	-	155 Саки			73	-	-	140 Салават			73	96	-	- Сатка			73	-	-	159 Чистополь		73	-	-	175 Чусовой			73	-	-	161 Шахунья			73	-	-	138 Андреаполь		74	-	-	104 Буй			74	-	-	148 Верхний Тагил		74	-	-	122 Гаврилов-Ям		74	-	-	131 Дегтярск		74	-	-	129 Ирбит			74	-	-	155 Лабытнанги		74	-	-	149 Павловская		74	-	-	- Североуральск		74	-	-	148 Удачный			74	-	-	123 Хвалынск		74	-	-	120 Кондрово		75	-	-	131 Онега			75	-	-	143 Сокол			75	-	-	164 Сухой Лог		75	-	-	155 Тотьма			75	-	-	111 Усть-Кут		75	-	-	174 Чебаркуль		75	-	-	162 Энгельс			75	101	-	- Юрьевец			75	-	-	113 Аша			76	-	-	152 Баксан			76	-	-	160 Белоярский		76	-	-	138 Болгар			76	-	-	107 Дубна			76	-	-	- Иловля			76	-	-	119 Карпинск		76	-	-	151 Кыштым			76	-	-	158 Лаишево			76	-	-	104 Нефтеюганск		76	100	-	- Новоуральск		76	106	-	- Северодвинск		76	108	-	- Советский		76	-	-	149 Солнечногорск		76	-	-	- Чернушка		76	-	-	153 Бавлы			77	-	-	142 Гатчина			77	117	-	- Козьмодемьянск		77	-	-	146 Красноуфимск		77	-	-	- Кумертау		77	-	-	- Лесной			77	-	-	175 Минусинск		77	-	-	- Назарово		77	-	-	173 Октябрьский		77	110	-	- Первомайск		77	-	-	131 Саяногорск		77	-	-	172 Стародуб		77	-	-	141 Струнино		77	-	-	131 Тулун			77	-	-	174 Усмань			77	-	-	141 Хадыженск		77	-	-	144 Ардатов			78	-	-	115 Болхов			78	-	-	122 Бронницы		78	-	-	146 Верхняя Салда		78	-	-	168 Галич			78	-	-	138 Голицыно		78	-	-	139 Горнозаводск		78	-	-	123 Ишим			78	-	-	- Касли			78	-	-	134 Красноармейск		78	-	-	153 Меленки			78	-	-	131 Нягань			78	-	-	178 Сураж			78	-	-	123 Талица			78	-	-	136 Щучье			78	-	-	121 Абинск			79	-	-	169 Горно-Алтайск		79	-	-	- Губкинский		79	-	-	142 Далматово		79	-	-	128 Дальнегорск		79	-	-	164 Карталы			79	-	-	152 Катайск			79	-	-	132 Куса			79	-	-	139 Мглин			79	-	-	109 Николаевск		79	-	-	132 Первоуральск		79	108	-	- Сосногорск		79	-	-	158 Уржум			79	-	-	119 Учалы			79	-	-	162 Александровск		80	-	-	130 Артёмовский		80	-	-	161 Балашиха		80	117	-	- Белово			80	-	-	- Боготол			80	-	-	147 Инта			80	-	-	167 Камешково		80	-	-	128 Камышлов		80	-	-	153 Котельниково		80	-	-	148 Красноуральск		80	-	-	151 Лысьва			80	-	-	- Сорочинск		80	-	-	160 Троицк			80	-	-	- Туринск			80	-	-	139 Чапаевск		80	-	-	- Юрга			80	116	-	- Абдулино		81	-	-	145 Заозёрный		81	-	-	126 Катав-Ивановск		81	-	-	138 Кунгур			81	-	-	- Оса			81	-	-	146 Радужный		81	-	-	137 Рубцовск		81	108	-	- Черноморское		81	-	-	125 Южно-Сухокумск		81	-	-	121 Южноуральск		81	-	-	167 Аркадак			82	-	-	132 Батайск			82	130	-	- Белокуриха		82	-	-	140 Беслан			82	-	-	176 Верхний Уфалей		82	-	-	159 Верхняя Тура		82	-	-	119 Железноводск		82	-	-	159 Кизилюрт		82	-	-	176 Лениногорск		82	-	-	- Урень			82	-	-	129 Боровичи		83	-	-	- Бугуруслан		83	-	-	- Дюртюли			83	-	-	170 Лесосибирск		83	-	-	- Мамадыш			83	-	-	134 Новотроицк		83	-	-	- Саянск			83	-	-	177 Судак			83	-	-	140 Хотьково		83	-	-	156 Шумиха			83	-	-	140 Бородино		84	-	-	143 Дивногорск		84	-	-	161 Кемь			84	-	-	131 Комсомольск		84	-	-	116 Кувандык		84	-	-	166 Любим			84	-	-	95 Хасавюрт		84	132	-	- Большой Камень (ЗАТО)	85	-	-	174 Колпино			85	135	-	- Комсомольск-на-Амуре	85	117	-	- Новомихайловский	85	-	-	127 Пласт			85	-	-	141 Тайшет			85	-	-	172 Харовск			85	-	-	122 Анжеро-Судженск		86	-	-	- Карабаш			86	-	-	134 Кондопога		86	-	-	179 Лангепас		86	-	-	- Нижние Серги		86	-	-	128 Полярные Зори		86	-	-	142 Тында			86	-	-	178 Шушенское		86	-	-	145 Ангарск			87	117	-	- Жигулёвск		87	-	-	- Ивдель			87	-	-	147 Кодинск			87	-	-	140 Мелеуз			87	-	-	- Пыталово		87	-	-	99 Сим			87	-	-	137 Уссурийск		87	126	-	- Шарыпово		87	-	-	176 Асбест			88	-	-	- Беломорск		88	-	-	129 Дмитриев-Льговский	88	-	-	114 Заволжск		88	-	-	133 Лукоянов		88	-	-	144 Майский			88	-	-	174 Михайловск		88	-	-	122 Находка			88	131	-	- Новая Ляля		88	-	-	133 Новоузенск		88	-	-	149 Пестово			88	-	-	148 Подпорожье		88	-	-	156 Тара			88	-	-	163 Ужур			88	-	-	144 Югорск			88	-	-	179 Белозерск		89	-	-	124 Кугеси			89	-	-	137 Ленинск-Кузнецкий	89	-	-	- Богданович		90	-	-	179 Гудермес		90	-	-	- Енисейск		90	-	-	153 Кавалерово		90	-	-	140 Подольск		90	148	-	- Славгород		90	-	-	174 Стрежевой		90	-	-	- Усть-Катав		90	-	-	161 Барабинск		91	-	-	175 Белогорск		91	-	-	- Верещагино		91	-	-	170 Верхнеуральск		91	-	-	124 Дубовка			91	-	-	145 Заводоуковск		91	-	-	170 Усолье-Сибирское	91	-	-	- Яранск			91	-	-	154 Азнакаево		92	-	-	- Елабуга			92	-	-	- Красный Кут		92	-	-	148 Куртамыш		92	-	-	149 Кушва			92	-	-	178 Менделеевск		92	-	-	168 Нея			92	-	-	129 Нижнеудинск		92	-	-	- Петров Вал		92	-	-	140 Тюкалинск		92	-	-	134 Мензелинск		93	-	-	153 Мотыгино		93	-	-	104 Пушкино			93	-	-	- Сибай			93	-	-	- Уяр			93	-	-	139 Гулькевичи		94	-	-	- Нязепетровск		94	-	-	138 Прокопьевск		94	143	-	- Абаза			95	-	-	155 Заречный		95	-	-	- Иланский		95	-	-	152 Кораблино		95	-	-	145 Крутинка		95	-	-	112 Мариинск		95	-	-	- Пудож			95	-	-	129 Ревда			95	-	-	- Сковородино		95	-	-	129 Чехов			95	-	-	- Арсеньев		96	-	-	- Бодайбо			96	-	-	150 Дальнереченск		96	-	-	178 Черногорск		96	-	-	- Кизел			97	-	-	168 Коркино			97	-	-	- Приобье			97	-	-	115 Тосно			97	-	-	- Асино			98	-	-	179 Краснокаменск		98	-	-	- Междуреченск		98	-	-	- Ожерелье		98	-	-	137 Тайга			98	-	-	172 Трёхгорный		98	-	-	- Грязовец		99	-	-	159 Еманжелинск		99	-	-	- Ленск			99	-	-	174 Покачи			99	-	-	158 Алзамай			100	-	-	113 Ишимбай			100	-	-	- Медногорск		100	-	-	- Николаевск-на-Амуре	100	-	-	175 Юрюзань			100	-	-	144 Лесозаводск		101	-	-	- Красновишерск		102	-	-	162 Отрадный		102	-	-	- Перевоз			102	-	-	132 Горняк			103	-	-	147 Искитим			103	-	-	- Колпашево		103	-	-	- Свободный		103	-	-	- Фокино (ЗАТО)		103	-	-	- Кудымкар		104	-	-	- Новоалтайск		104	-	-	- Берёзово		105	-	-	112 Добрянка		105	-	-	- Зима			105	-	-	- Ноглики			105	-	-	135 Татарск			105	-	-	- Гурьевск		106	-	-	147 Нытва			106	-	-	174 Алейск			107	-	-	- Полевской		107	-	-	- Северобайкальск		107	-	-	- Биробиджан		109	-	-	- Советская Гавань	109	-	-	- Ялуторовск		109	-	-	- Змеиногорск		110	-	-	140 Оха			110	-	-	- Арамиль			111	-	-	160 Камень-на-Оби		111	-	-	- Пугачёв			112	-	-	- Яровое			114	-	-	172 Исилькуль		115	-	-	- Волчанск		117	-	-	137 Славянка		117	-	-	- Похвистнево		121	-	-	- Партизанск		122	-	-	- Семёнов			122	-	-	- Спасск-Дальний		123	-	-	- Усть-Илимск		123	-	-	- Камбарка		124	-	-	144 Урай			125	-	-	- Петровск-Забайкальский	131	-	-	- Белорецк		133	-	-	- Киселёвск		133	-	-	- Бердск			134	-	-	- Балей			135	-	-	155 Бикин			136	-	-	- Железногорск-Илимский	141	-	-	- Вихоревка		156	-	-	- Шимановск		163	-	-	- Бор			168	-	-	- Борзя			172	-	-	- Шахтерск		173	-	-	-

В модели также есть Алдан, Аргун, Арск, Артышта, Артём, Артёмовск, Аян, Бабушкин, Багдарин, Байкальск, Байкит, Батагай, Белая Гора, Белый, Берёзовый, Богородское, Болотное, Буинск, Ванавара, Ванино, Великий Устюг, Верхневилюйск, Верхотурье, Вилюйск, Вяземский, Гремячинск, Гусиноозёрск, Давлеканово, Депутатский, Диксон, Долинск, Ербогачён, Жиганск, Жуковка, Забайкальск, Завитинск, Заинск, Залахтовье, Заринск, Злынка, Зуевка, Зырянка, Игарка, Игрим, Избербаш, Изборск, Известковый, Казачинское, Калачинск, Калевала, Карагайский, Карасук, Карачев, Каргасок, Каргат, Кепервеем, Кинель, Киренск, Кола, Кослан, Красный Чикой, Купино, Курильск, Ленинск, Лобня, Луза, Любань, Макаров, Макушино, Малоархангельск, Мама, Манжерок, Мещовск, Миньяр, Могоча, Мураши, Мыски, Мытищи, Называевск, Нарткала, Нижнеангарск, Новоабзаково, Новоржев, Новосиль, Нюрба, Облучье, Обь, Озеро-Карачинское, Озёрск, Оленёк, Олёкминск, Омолон, Омсукчан, Охотск, Павелец, Певек, Пено, Петухово, Плёс, Поронайск, Пржевальское, Пряжа, Саккырыр, Салми, Саскылах, Светлогорск (Красноярск.), Северо-Енисейский, Сеймчан, Симеиз, Синяя Осока, Слюдянка, Соль-Илецк, Сонково, Сорск, Сосновка, Спас-Деменск, Среднеколымск, Сретенск, Сунтар, Сусуман, Таксимо, Талакан, Терек, Тикси, Тогучин, Толька, Томмот, Топки, Тура, Туран, Туруханск, Усть-Качка, Усть-Кокса, Усть-Куйга, Усть-Нера, Усть-Цильма, Хандыга, Хатанга, Хилок, Холм, Хонуу, Хотынец, Чара, Чемал, Черемхово, Черепаново, Чернолучье, Черский, Чокурдах, Чулым, Чумикан, Чёрмоз, Шилка, Эвенск, Южно-Курильск — эти города либо заражаются позднее моделируемого периода, либо не набирают 1000 инфицированных.

Сценарий 2

Самый «изолированный» сценарий. В нём остаются только 10% от трафика перевозок, то есть попадать из одной точки в другую становится куда тяжелее, но возможно. Это не полный карантин, а существенное снижение связности. Люди внутри городов не ходят на ярмарки и стараются самоизолироваться, но делают это не идеально, а в меру своего понимания. Моделируется период в 180 дней (соответственно, Барнаул, набравший тысячу больных на 174-й день модели не успеет набрать меньше тысячи больных в процессе «придавливания» эпидемии). Города, которых нет в таблице, не набирают больше 1000 больных или не заражаются.

Город			>1000	>10.000	>100.000 <1000 Москва			18	33	51	- Ижевск			40	60	-	- Киров			42	-	-	158 Нижний Новгород		45	66	-	- Архангельск		46	68	-	- Брянск			46	67	-	- Санкт-Петербург		46	62	88	- Ростов-на-Дону		56	76	-	- Сыктывкар		61	91	-	- Воронеж			62	86	-	- Ярославль		63	88	-	- Переславль-Залесский	65	-	-	172 Рязань			65	91	-	- Пенза			66	94	-	- Тула			66	93	-	- Симферополь (Крым)	68	99	-	- Алексин			69	-	-	- Калуга			69	108	-	- Киржач			69	-	-	160 Белгород		70	103	-	- Казань			70	103	-	- Липецк			70	104	-	- Иваново			71	105	-	- Краснодар		71	104	-	- Саратов			71	105	-	- Астрахань		72	109	-	- Каменск-Шахтинский	72	-	-	- Смоленск		72	110	-	- Сочи			72	109	-	- Тамбов			72	112	-	- Волгоград		73	108	-	- Елец			73	-	-	- Ставрополь		74	113	-	- Владимир		75	118	-	- Ржев			75	-	-	- Кольчугино		77	-	-	- Минеральные Воды	77	-	-	- Чебоксары		77	128	-	- Старый Оскол		78	-	-	- Волгодонск		80	-	-	- Курск			81	-	-	- Таганрог		81	-	-	- Узловая			81	-	-	- Ливны			82	-	-	- Моршанск		82	-	-	- Орёл			82	-	-	- Екатеринбург		83	166	-	- Скопин			83	-	-	168 Вологда			84	-	-	- Касимов			84	-	-	173 Кострома		84	-	-	- Пущино			84	-	-	149 Самара			84	178	-	- Белая Калитва		85	-	-	- Нелидово		85	-	-	157 Псков			85	-	-	- Уфа			85	-	-	- Великие Луки		86	-	-	- Махачкала		86	-	-	- Шахты			86	-	-	- Калининград		87	-	-	- Богородицк		88	-	-	175 Пермь			89	-	-	- Данков			90	-	-	155 Йошкар-Ола		90	-	-	- Вязьма			91	-	-	- Новочеркасск		91	-	-	- Кашин			92	-	-	141 Рыбинск			92	-	-	- Таруса			92	-	-	117 Углич			92	-	-	- Нижний Ломов		93	-	-	160 Дятьково		94	-	-	175 Михайлов		94	-	-	126 Муром			94	-	-	- Новгород Великий	94	-	-	- Новосибирск		94	-	-	- Осташков		94	-	-	147 Тюмень			94	-	-	- Лебедянь		95	-	-	157 Мурманск		96	-	-	- Саранск			96	-	-	- Челябинск		96	-	-	- Анапа			97	-	-	- Кинешма			97	-	-	- Ульяновск		97	-	-	- Валуйки			98	-	-	- Гагарин			98	-	-	- Десногорск		98	-	-	178 Ейск			98	-	-	- Балашов			99	-	-	- Зарайск			99	-	-	167 Камышин			99	-	-	- Красноярск		99	-	-	- Можайск			99	-	-	- Обнинск			99	-	-	- Омск			99	-	-	- Рославль		99	-	-	- Руза			99	-	-	135 Химки			99	-	-	- Оренбург		100	-	-	- Рассказово		100	-	-	- Сафоново		100	-	-	- Сургут			100	-	-	- Балаково		101	-	-	- Людиново		101	-	-	- Озёры			102	-	-	171 Ухта			102	-	-	- Владикавказ		103	-	-	- Ряжск			103	-	-	161 Ярцево			103	-	-	- Богучар			104	-	-	128 Вязники			104	-	-	- Губкин			104	-	-	- Ковров			104	-	-	- Миллерово		104	-	-	- Тихвин			104	-	-	- Волоколамск		105	-	-	165 Мценск			105	-	-	- Сергиев Посад		105	-	-	- Элиста			105	-	-	- Юрьев-Польский		105	-	-	154 Новошахтинск		107	-	-	- Петровск		107	-	-	- Шуя			107	-	-	- Мичуринск		108	-	-	- Тверь			108	-	-	- Назрань			109	-	-	- Протвино		110	-	-	- Егорьевск		111	-	-	- Керчь			111	-	-	- Урюпинск		111	-	-	- Нижнекамск		112	-	-	- Кузнецк			113	-	-	- Павловск		113	-	-	169 Петрозаводск		114	-	-	- Ростов Великий		114	-	-	- Майкоп			116	-	-	- Россошь			117	-	-	- Борисоглебск		118	-	-	- Коломна			118	-	-	- Хабаровск		118	-	-	- Владивосток		119	-	-	- Серпухов		119	-	-	- Морозовск		120	-	-	174 Арзамас			122	-	-	- Чайковский		124	-	-	- Армавир			125	-	-	- Михайловка		126	-	-	- Томск			126	-	-	- Красный Сулин		127	-	-	- Ялта			127	-	-	- Алексеевка		128	-	-	- Ахтубинск		128	-	-	- Севастополь		128	-	-	- Феодосия		129	-	-	- Кисловодск		130	-	-	- Гуково			131	-	-	- Ступино			131	-	-	- Будённовск		133	-	-	- Новый Уренгой		133	-	-	- Иркутск			135	-	-	- Пятигорск		135	-	-	- Орехово-Зуево		137	-	-	- Выкса			141	-	-	- Сальск			141	-	-	- Вольск			145	-	-	- Тольятти		148	-	-	- Грязи			150	-	-	- Канаш			151	-	-	- Грозный			157	-	-	- Конаково		161	-	-	176 Адлер			164	-	-	- Сарапул			164	-	-	- Набережные Челны	173	-	-	- Барнаул			174	-	-	-

Я ещё раз напомню, что это моделирование распространения инфекции между городами, а не учёт смертности и остального. Вы можете помочь ODS, написав в личку mephistopheies.
Ещё важное: центр в Сколтехе решил выделить вычислительное время на суперкомпьютере Zhores для моделирования задач, так или иначе связанных со сдерживанием эпидемии. У них есть CPU-ноды (небольшая часть, но есть) и GPU-ноды (в нодах стоят по 4 Tesla P100). Если у вас есть распараллеленный под MPI CPU код или необходимость посчитать модели в параллельном режиме на GPU — подходит. Можно приносить любые задачи, которые как-нибудь связаны с борьбой с эпидемией, например по молекулярному моделированию, моделированию транспортных потоков и т.п. Контакты: sergey.sosnin@skoltech.ru или можно подать заявку напрямую.

Что это значит?

Российская логистика — одна из самых сложных в мире. У нас очень много изолированных городов, население значительно раскидано по планете, огромные пустые территории. Из плотносвязанного на западе граф превращается в слабосвязанный на востоке.

Это может означать, что можно отрезать существенные части графа от основных очагов (но, похоже, уже поздно из-за возвращавшихся в разные крупные города из-за границы).

Модели без учёта такого распространения очень сильно ограничены отсутствием нужных данных.

Сейчас фактор неравномерности населения означает, что можно резко переменить ход развития эпидемии, перекрывая транспортное сообщение.

Главный коммерческий вывод — возможно, локдаун сейчас дешевле, чем последствия дальше.

Я приглашаю вас не верить мне на слово, а расколупать модель, поковыряться в CSV и коде, докрутить и улучшить результат, который предоставило ODS. Собственно, сейчас сообщество работает над уточнениями модели.

И особо отмечу, что тот факт, что сообщество взялось за проект, сделало его и открывает результат — это огромный прецедент в пользу того, что сами данные нужно открывать. Потому что иногда они крайне полезны, даже если у вас нет времени или возможности с ними что-то сделать.

Ссылки в одном месте, большой пост с кучей ссылок на разные исследования, mephistopheies — ваш вход в ODS, если вы хотите помочь. Пост ODS от grisme с внутренностями модели и допущениями, ссылкой на репозиторий.

Источник: habr.com

Комментарии: