Черновой геном зайца и совсем немного науки

В Genome Biology and Evolution вышла статья, в которой не только прочитали геном зайца-беляка Lepus timidus, но и немножко его поизучали, в том числе посмотрели на популяционную численность в прошлом. Этот вид – своеобразная эволюционная модель для изучения локальных адаптаций и интрогрессивной гибридизации. Поэтому знание его генома поможет лучше понять эти явления.

А ещё результаты статьи прокомментировал наш коллега Михаил Райко из ЦАБ СПбГУ! Читайте! :)

Обитает заяц-беляк Lepus timidus в северной Палеарктике, от западного края Европы до восточной Азии, а ещё есть и изолированные популяции в Альпах, Польше, Великобритании и Ирландии. Такое распространение вида является следствием колонизации территорий, которые прежде были под слоем льда. То есть это одновременно и заселение северных территорий, и, соответственно, перемещение с южных.

Геном зайца-беляка секвенировали на платформе Illumina и собирали с использованием протокола ALLPATHS-LG, в котором комбинировали парно- и одноконцевые прочтения (с разными размерами вставок), покрытие было достаточно хорошее и составило 77х. В результате авторы получили 32 294 скаффолда с общей длиной 2.7 Гб (это гигабазы, а не гигабайты!). Для сравнения, размер генома у кролика почти такой же 2.74 Гб. После этого, для фильтрации данных, авторы взяли геном кролика и провели ре-скаффолдинг (re-scaffolding), получив 4 205 скаффолдов.

Поиск по гомологии, привлечение данных транскриптомов, а также предсказания ab-initio показали, что в геноме у зайца-беляка 24 578 белок-кодирующих генов. А результат PSMC, который был показан в статье, никак не обсуждается, а только приводится иллюстрация. Давайте взглянем на неё сами – видно, что все варианты генома зайца-беляка показывают примерно похожую картину, равно как и для кролика (верхний рисунок). На нижнем рисунке показано сравнение с иберийским зайцем (Lepus granatensis). Как можно понять, у него была явно другая демографическая история, но какая – авторы упрямо умалчивают.

Может показаться, что эта статья именно про отсеквенированный геном – так и есть. Как нам рассказал коллега Михаил Райко из ЦАБ СПбГУ:

"Это стандартная тема, когда есть геном, аннотация и вот это вот всё, и хочется его опубликовать. Обычно к этому добавляют что-то, что сами умеют делать и можно из этого генома извлечь - либо гены под отбором, либо мультигенную филогению, либо какой-то конкретный интересный ген/кластер, либо PSMC. И вроде уже на нормальную статью похоже, и обсуждать нечего :)
В какой-то момент для таких ситуаций GigaScience завела тип статей Genome data note, где просто геном и всё. Но их, видимо, завалили драфтами, поэтому теперь они берут либо сборки до хромосом, либо длинные риды и ещё что-нибудь (Hi-C, BioNano, whatever)."

Ссылка на статью – https://academic.oup.com/gbe/article/12/1/3656/5675504. Все данные выложены в открытый доступ в базе NCBI SRA.

Источник: m.vk.com

Комментарии: