CARNIVAL. Поиск процессов, влияющих на экспрессию генов, при помощи построения сетей взаимодействий

Изучение клеточных процессов, влияющих на экспрессию генов — актуальная задача. Ученые из EMBL-EBI применили методы вычислительной биологии для ее решения.

Они разработали программу для предсказания клеточных процессов, получившую название CARNIVAL (CAusal Reasoning pipeline for Network identification using Integer VALue programming).

CARNIVAL будет полезен в любой области биомедицинских исследований для определения сигнальных путей и анализа причинно-следственных связей между экспрессией генов и клеточными процессами.

Программа использует набор уже имеющихся данных, полученных при помощи анализа экспрессии генов (GEX analysis). На их основе строится сеть из потенциальных путей взаимодействия.

Оперирование набором данных о белок-белковых взаимодействиях, мишенях транскрипционных факторов и сигнальных путях, позволяет охватить широкий спектр клеточных процессов и регуляторов и делать выводы с высокой точностью.

В качестве примера исследователи применили CARNIVAL для определения сигнальных путей на основе данных об экспрессии генов при IgA-нефропатии, хронической болезни почек. Программа нашла специфические сигнальные пути и ассоциированные медиаторы с важной биологической активностью в IgAN, включая WNT и TGF-?. Впоследствии вывод подтвердили экспериментально.

CARNIVAL написан на R и распространяется бесплатно.

GitHub: https://saezlab.github.io/CARNIVAL

Препринт: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/541888v1

Источник: m.vk.com

Комментарии: