Классификация Изображений Атласа Белков Человека

Известнейшая площадка для соревнования в решении задач машинного обучения Kaggle предложила участникам решить задачу поиска и классификации белков на изображениях клеток. За лучшее решение будет вручен приз в размере $37000, а его авторов команда проекта The Human Protein Atlas, создающая алгоритм автоматического распознавания белков для «умной» микроскопии, позовет в соавторы статьи в Nature Methods. Данные для тренировки моделей были подготовлены при помощи более чем 300 000 геймеров, которым было предложено разметить белки на изображениях в рамках игры EVE Online.

В этом конкурсе Kagglers разработает модели, способные классифицировать смешанные паттерны белков на микроскопических изображениях. Атлас человеческого белка будет использовать эти модели для создания инструмента, интегрированного с их системой смарт-микроскопии для идентификации местоположения белка (ов) из изображения с высокой пропускной способностью.

Белки - "исполнители" в клетке человека, выполняющие многие функции, которые вместе обеспечивают жизнь. Исторически сложилось так, что классификация белков ограничивалась отдельными паттернами в одном или нескольких типах клеток, но для того, чтобы полностью понять сложность человеческой клетки, модели должны классифицировать смешанные паттерны в различных клетках человека.

Изображения визуализируя протеины в клетках обыкновенно использованы для биомедицинского исследования, и эти клетки смогли держать ключ для следующего прорыва в медицине. Однако, спасибо выдвижения в микроскопию высок-объем, эти изображения произведены на далеко большой побежке чем чего смогите вручную быть оценено. Поэтому, потребность большле чем всегда для автоматизировать биомедицинский анализ изображения для ускорения вникания людских клеток и заболевания.

Nature Methods проявили интерес к рассмотрению документа, в котором обсуждаются итоги и подходы к решению этой проблемы. Команда Human Protein Atlas хотела бы пригласить лучшие команды присоединиться в качестве соавторов к написанию этой статьи.

Лучшие команды также смогут побороться за специальный приз. Дополнительная информация как для специального приза, так и для соавторства по природным методам будет доступна через дискуссионные посты после завершения основного конкурса.

Выражение благодарности

Атлас белков человека является шведской инициативой, направленной на картирование всех белков человека в клетках, тканях и органах. Все данные в информационный ресурс открытого доступа, что позволяет проводить исследование протеома человека. В недавней публикации команда Human Protein Atlas продемонстрировала перспективность подходов как гражданской науки, так и искусственного интеллекта в описании местоположения человеческих белков в изображениях, однако текущие результаты еще не приблизились к аннотациям на уровне экспертов (Sullivan et al, Nature Biotechnology, Oct 2018).

Источник: www.kaggle.com

Комментарии: