?

? Цикл лекций ведущих ученых для студентов и аспирантов ИФМиБ КФУ.

?? Гельфанд Михаил Сергеевич, профессор ФББ МГУ, зам.директора ИППИ РАН, д.б.н., к.ф-м.н., зав.УНЦ «Биоинформатика», г. Москва (h-index - 51).

• 12 апреля, 10:10, аудитория 013В

Функциональная аннотация. Gene Ontology. Гомология и сходство. Гомология доменов. Ортологи и паралоги.

• 12 апреля, 15:20, аудитория 211В

Пространственная структура и функциональное состояние хроматина.

Новые методы определения пространственной структуры хроматина в сопоставлении с эпигеномными транскриптомными данными показывают, что пространственно сближенные участки хроматина склонны находиться в одном и том же функциональном состоянии. Плотно упакованные участки, ТАДы (топологически ассоциированные домены) обеднены активными гистоновыми метками, в них преимущественно располагаются тканеспецифичные гены. Участки между ТАДами активно транскрибируются.

• 13 апреля, 10:10, аудитория 211В

Сравнительная геномика. Ко-локализация. Филетические паттерны. Ко-регуляция. Примеры.

Пан-геномы. Универсальные и уникальные гены. Периферия и общая периферия. Видоспецифичные гены.

• 13 апреля, 15:20, аудитория 310В

Геномные перестройки и эволюция геномов.

Нуклеотидный состав лидирующей и запаздывающей цепи. Направление репликации и транскрипции. Идентификация старта репликации. Синтенные блоки. Реконструкция геномных перестроек. Полногеномные дупликации. Геномные перестройки при раке.

• 14 апреля, 8:30, аудитория 013В

Негеномные данные.

Транскриптомы. Двойная кластеризация (гены и условия). Временные ряды. ChIP-Seq. Эпигеномика. Пространственная структура хроматина. Проект ENCODE и его результаты.

• 14 апреля, 13:35, Конференц-зал восточного крыла

Эволюция регуляторных взаимодействий у бактерий.

Сравнительный анализ большого количества геномов показывает удивительную пластичность транскрипционной регуляции у бактерий. Анализ семейств факторов транскрипции и узнаваемых ими мотивов в ДНК позволяет определить аминокислотные остатки, контактирующие с ДНК и определяющие специфичность узнавания и, тем самым, изучать ко-эволюции транскрипционных факторов и сайтов их связывания.

• 15 апреля, 10:10, аудитория 013В

Сети.

Свойства природных графов. Распределение степеней вершин. Мотивы в графах.

Модели.

Балансовые модели: линейное программирование. Динамические модели: системы дифференциальных уравнений. Подбор параметров.

Комментарии: